Convertitore online gratuito da VSI a OME.TIFF

Cos’è il formato VSI

VSI è un formato proprietario per vetrini virtuali utilizzato dagli scanner della serie Olympus VS e dal software Olympus cellSens. Un dataset VSI può contenere immagini microscopiche suddivise in riquadri, a più risoluzioni, più canali, più piani focali e metadati di acquisizione. Di solito viene fornito con una cartella associata contenente i dati delle immagini; pertanto, copia l’intero dataset originale prima della conversione. Spostare soltanto il file .vsi può rendere il vetrino illeggibile.

Cos’è il formato OME-TIFF

OME-TIFF è un formato per microscopia basato su TIFF che memorizza i pixel insieme ai metadati OME-XML, che descrivono dimensioni, canali, piani, dimensioni fisiche dei pixel e informazioni correlate sull’acquisizione. È supportato da Fiji, Bio-Formats, QuPath, napari con i plugin appropriati e molte librerie scientifiche per l’elaborazione delle immagini.

OME-TIFF è preferibile quando il software non è in grado di leggere VSI, quando i dataset devono essere scambiati tra applicazioni di microscopia o quando i metadati devono rimanere in una struttura documentata. Può utilizzare una compressione senza perdita come LZW e può essere scritto come BigTIFF quando l’output supera il limite di dimensione del TIFF classico.

Come convertire VSI in OME-TIFF

Utilizzo di Bio-Formats

Bio-Formats è l’opzione desktop e da riga di comando più diretta, poiché include un lettore VSI e uno strumento di scrittura OME-TIFF.

1. Installa Fiji, che include Bio-Formats, oppure scarica gli strumenti da riga di comando di Bio-Formats.
2. Mantieni insieme il file .vsi e la relativa cartella contenente i dati.
3. Per una conversione da riga di comando, esegui:

bfconvert -compression LZW -overwrite input.vsi output.ome.tiff

Utilizza BigTIFF per un risultato molto grande:

bfconvert -bigtiff -compression LZW -overwrite input.vsi output.ome.tiff

Se il VSI contiene diverse serie di immagini, controlla prima l’elenco delle serie e converti separatamente quelle richieste. In caso contrario, Bio-Formats potrebbe scrivere più serie o generare nomi di output basati sulla serie sorgente. Un comando tipico per una serie specifica è:

bfconvert -series 0 -compression LZW -overwrite input.vsi output-series-0.ome.tiff

Le opzioni esatte disponibili dipendono dalla versione di Bio-Formats; esegui bfconvert -help per verificarle.

Utilizzo di Fiji

1. Apri il dataset tramite Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Importer.
2. Seleziona il file VSI e conserva le dimensioni, i canali e le serie originali nelle opzioni dell’importer.
3. Esporta l’immagine aperta tramite File → Save As → OME-TIFF, oppure utilizza l’esportatore Bio-Formats, se disponibile.
4. Seleziona la compressione LZW per una memorizzazione senza perdita e scegli BigTIFF se l’output stimato è maggiore di 4 GB.

Per un’immagine whole-slide, verifica se l’esportatore selezionato conserva una piramide a più risoluzioni. Se esporta soltanto la risoluzione attualmente aperta, il risultato è un OME-TIFF valido, ma non un vetrino piramidale equivalente.

Conversione senza software installato

Puoi convertire il file gratuitamente sul sito 101convert.com senza installare software, a condizione che il servizio accetti il dataset VSI e i relativi file associati. Carica l’intero dataset quando il convertitore richiede i file aggiuntivi e verifica che l’OME-TIFF risultante contenga le serie e i metadati richiesti.

Qualità, compatibilità e limitazioni

La compressione LZW è senza perdita, quindi conserva i valori dei pixel riducendo al contempo le dimensioni; la compressione JPEG può introdurre artefatti ed è inadatta quando le misurazioni quantitative dipendono dai pixel originali. Una conversione non può ripristinare le informazioni assenti dal lettore o dall’esportatore VSI, e alcune annotazioni specifiche di Olympus, dati del tavolino, dettagli della piramide o metadati proprietari potrebbero non essere convertiti in OME-XML.

Controlla l’output in Fiji o Bio-Formats confrontando larghezza, altezza, numero di canali, profondità z, punti temporali, tipo di pixel e dimensione fisica dei pixel con la sorgente. Testa inoltre il file nell’applicazione di destinazione: un OME-TIFF conforme agli standard può contenere metadati validi, ma non avere il layout piramidale o le annotazioni specifiche del produttore richieste da un particolare visualizzatore whole-slide.