Convertitore online gratuito da NDPI a OME.TIFF

Cos'è il formato NDPI

NDPI è il formato proprietario di Hamamatsu per le immagini whole-slide. Gli scanner Hamamatsu NanoZoomer creano file NDPI durante la digitalizzazione dei vetrini patologici, spesso insieme a file di indice o metadati associati. È possibile incontrarli in Hamamatsu NDP.view2, NDP.view, QuPath, Fiji e altre applicazioni che utilizzano lettori Bio-Formats o OpenSlide.

Un file NDPI può contenere un’immagine a piena risoluzione di dimensioni molto grandi, livelli di visualizzazione sottocampionati, più serie di immagini e talvolta diversi piani focali. I metadati interni e la struttura a piramide sono specifici del produttore, quindi i programmi TIFF generici potrebbero non aprirlo correttamente.

Cos'è il formato OME-TIFF

OME-TIFF è un formato basato su TIFF definito da Open Microscopy Environment. Memorizza i dati delle immagini nelle directory TIFF e descrive dimensioni, canali, dimensioni dei pixel, piani e informazioni correlate nei metadati OME-XML.

Per le immagini whole-slide, OME-TIFF può contenere livelli di risoluzione suddivisi in tile e organizzati a piramide. Ciò consente ai visualizzatori compatibili di mostrare prima una piccola panoramica e di caricare solo i tile ad alta risoluzione necessari per la navigazione. Il formato è supportato da Bio-Formats, Fiji, QuPath, napari con i plugin appropriati e molti workflow di microscopia.

OME-TIFF è utile quando il software richiede un formato documentato e interoperabile anziché un file specifico dello scanner. Non rende automaticamente un’immagine più piccola; le dimensioni dell’output dipendono dai dati di origine, dalle impostazioni dei tile, dai livelli della piramide e dalla compressione.

Come convertire NDPI in OME-TIFF

Utilizzo di Bio-Formats bfconvert

Bio-Formats è l’opzione desktop da riga di comando più pratica per preservare i metadati di microscopia e gestire immagini molto grandi. Installare il pacchetto Bio-Formats da Open Microscopy Environment, quindi eseguire bfconvert da un terminale.

1. Posizionare il file NDPI in una cartella con spazio libero sufficiente per l’output. Un OME-TIFF whole-slide può avere dimensioni di diversi gigabyte.
2. Convertire la serie di immagini selezionata con un output TIFF suddiviso in tile e senza perdita:

bfconvert -overwrite -bigtiff -compression LZW input.ndpi output.ome.tiff

-bigtiff è appropriato per i file che potrebbero superare il limite di circa 4 GB del TIFF classico. LZW è senza perdita; utilizzare JPEG solo quando ottenere un file più piccolo è più importante che preservare ogni pixel di origine.

Se l’NDPI contiene più serie, esaminare l’elenco delle serie di Bio-Formats e convertire quella richiesta con un’opzione per la serie, ad esempio:

bfconvert -overwrite -series 0 -bigtiff -compression LZW input.ndpi output.ome.tiff

Per ottenere un output whole-slide a piramide, utilizzare una versione aggiornata di Bio-Formats che supporti la scrittura delle piramidi:

bfconvert -overwrite -bigtiff -compression LZW -pyramid-resolutions 5 -pyramid-scale 2 input.ndpi output.ome.tiff

Vengono creati cinque livelli di risoluzione con una riduzione di due volte tra un livello e l’altro. Regolare il numero di livelli e la scala in base al visualizzatore di destinazione; i vetrini di dimensioni molto grandi traggono generalmente vantaggio dalle piramidi suddivise in tile. Eseguire bfconvert senza argomenti oppure consultare la guida della versione installata, poiché le opzioni per le piramidi variano tra le diverse versioni di Bio-Formats.

Utilizzo di 101convert.com

È anche possibile convertire il file gratuitamente sul sito web 101convert.com senza installare software. Caricare l’NDPI, scegliere OME-TIFF come formato di output, avviare la conversione e scaricare il risultato. Per i vetrini clinici o di ricerche non pubblicate, verificare le condizioni del servizio relative alla gestione e alla conservazione dei file prima del caricamento; per i file whole-slide di grandi dimensioni, il metodo desktop è generalmente più pratico.

Qualità, compatibilità e limitazioni

• La conversione non può recuperare i dettagli persi quando lo scanner ha memorizzato l’origine utilizzando la compressione JPEG. La selezione di LZW preserva i pixel forniti dal lettore NDPI, ma non ripristina le informazioni eliminate.
• Bio-Formats trasferisce i metadati che è in grado di interpretare, incluse molte dimensioni e le dimensioni fisiche dei pixel, ma i campi proprietari dello scanner, le annotazioni, i dati dei codici a barre e le regioni specifiche delle applicazioni potrebbero non essere mappati completamente in OME-XML.
• Controllare l’output in un visualizzatore whole-slide come QuPath o Fiji con Bio-Formats. Verificare che la panoramica, la visualizzazione a piena risoluzione, l’orientamento, le dimensioni dei pixel e la scala fisica siano corretti.
• Un OME-TIFF semplice senza piramide può aprirsi nei software di microscopia, ma funzionare male nei visualizzatori whole-slide. Se la navigazione è lenta o l’applicazione segnala l’assenza di livelli di risoluzione, rigenerare un file a piramide suddiviso in tile.
• Conservare l’NDPI originale come fonte per l’archiviazione. L’OME-TIFF è una copia per l’interoperabilità e potrebbe omettere metadati specifici dello scanner o ulteriori serie NDPI.