Convertitore online gratuito da NDPI a TIFF

I file NDPI sono immagini whole-slide prodotte dagli scanner Hamamatsu NanoZoomer, ma molti editor di immagini, sistemi di laboratorio e flussi di lavoro di archiviazione richiedono TIFF. La conversione in TIFF rende l’immagine più facile da aprire, elaborare e condividere, anche se una slide a risoluzione completa può richiedere BigTIFF e una notevole quantità di spazio di archiviazione.

Cos'è il formato NDPI

NDPI è il formato proprietario di Hamamatsu per le immagini whole-slide. Gli scanner NanoZoomer memorizzano i vetrini microscopici come immagini molto grandi e multi-risoluzione, con metadati associati, miniature e talvolta immagini delle etichette. È possibile imbattersi in file NDPI quando si ricevono scansioni di patologia digitale o si esportano slide da Hamamatsu NDP.view2.

Internamente NDPI è simile a TIFF, ma i normali software TIFF potrebbero non riconoscerne la struttura proprietaria. OpenSlide, Fiji con Bio-Formats, QuPath e il software Hamamatsu possono leggere molte varianti NDPI. Il supporto dipende dalla generazione dello scanner, dalla compressione e dal contenuto del file.

Cos'è il formato TIFF

TIFF è un formato di immagini raster ampiamente supportato, utilizzato in microscopia, scansione, editoria, analisi delle immagini e flussi di lavoro di archiviazione. Supporta la compressione senza perdita come LZW, Deflate e Zstandard, la memorizzazione suddivisa in tile, più pagine, metadati e l'estensione BigTIFF per file di dimensioni superiori a 4 GB.

TIFF è utile quando l'applicazione di destinazione non è in grado di aprire NDPI o quando un'immagine deve essere elaborata in software come ImageJ, Photoshop o un sistema di analisi di laboratorio. Un'esportazione TIFF convenzionale è spesso una singola risoluzione o regione selezionata, non la struttura completa multi-risoluzione della slide contenuta nel file NDPI.

Come convertire effettivamente NDPI in TIFF

Utilizzo di 101convert online

È possibile convertire il file gratuitamente sul sito web 101convert.com senza installare software. Caricare il file NDPI, selezionare TIFF come formato di output, avviare la conversione e scaricare il risultato. Questa soluzione è adatta ai file accettati dal servizio; le immagini whole-slide molto grandi potrebbero superare i limiti di caricamento, elaborazione o output, e le slide contenenti dati sensibili dei pazienti dovrebbero essere caricate solo dove siano disponibili i controlli di privacy richiesti.

Utilizzo di Fiji e Bio-Formats

1. Installare Fiji, che include ImageJ, quindi aggiungere o aggiornare il plugin Bio-Formats tramite Help → Update.
2. Aprire il file tramite File → Open oppure Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Importer.
3. Nella finestra di dialogo dell'importer, selezionare la serie con la risoluzione richiesta ed evitare di aprire il livello a risoluzione completa se il computer non dispone di RAM sufficiente.
4. Salvare l'immagine aperta con File → Save As → TIFF.

Fiji esporta il piano immagine o la risoluzione selezionata. Potrebbe non conservare la piramide NDPI, le annotazioni dello scanner o tutti i metadati proprietari. Per un'esportazione gestibile, scegliere una serie a risoluzione inferiore oppure esportare solo la regione necessaria per l'analisi.

Utilizzo di OpenSlide e Python

OpenSlide legge i livelli di risoluzione di una slide NDPI. L'esempio seguente esporta un intero livello di risoluzione come TIFF RGB:

pip install openslide-python tifffile numpy

from openslide import OpenSlide
import numpy as np
import tifffile

slide = OpenSlide('sample.ndpi')
level = 2
width, height = slide.level_dimensions[level]
image = slide.read_region((0, 0), level, (width, height)).convert('RGB')
tifffile.imwrite('sample_level2.tif', np.asarray(image), photometric='rgb', compression='zlib')
slide.close()

Modificare level per selezionare un altro livello della piramide; il livello 0 corrisponde alla risoluzione disponibile più alta. Il livello selezionato viene caricato in memoria come un unico array, quindi l'esportazione di una slide a risoluzione completa può esaurire la RAM. Per le slide di grandi dimensioni, elaborare regioni rettangolari suddivise in tile oppure esportare un livello inferiore. Se l'output supera 4 GB, utilizzare BigTIFF quando supportato dall'applicazione di destinazione, ad esempio aggiungendo bigtiff=True a tifffile.imwrite.

Qualità, compatibilità e limitazioni

• La conversione non migliora l'immagine di origine. Se l'NDPI contiene dati dello scanner compressi in JPEG, l'esportazione in TIFF non può ripristinare i dettagli persi durante la scansione.
• Un'esportazione TIFF può eliminare la piramide di risoluzione NDPI, i dati di messa a fuoco, la calibrazione dello scanner, le annotazioni, le immagini macro e i metadati proprietari. Conservare l'NDPI originale come master d'archivio.
• Utilizzare una compressione TIFF senza perdita, come Deflate o LZW, quando sono necessarie ulteriori analisi. Evitare la compressione TIFF JPEG per le misurazioni o le modifiche ripetute.
• I file TIFF whole-slide possono raggiungere decine o centinaia di gigabyte alla risoluzione completa. BigTIFF suddiviso in tile o OME-TIFF è generalmente più pratico di un singolo TIFF non suddiviso in tile, ma la compatibilità varia tra le applicazioni.
• Verificare le dimensioni in pixel, la calibrazione micrometri-per-pixel, il profilo colore e l'orientamento dopo la conversione; questi valori potrebbero non essere trasferiti automaticamente.