Convertitore online gratuito da NDPI a JPG

Cos'è il formato NDPI

NDPI è un formato proprietario per immagini di vetrini interi creato principalmente dagli scanner Hamamatsu NanoZoomer. Può contenere immagini microscopiche estremamente grandi e a più risoluzioni, utilizzate nella patologia digitale, nella ricerca e nell'archiviazione dei vetrini.

È possibile incontrare file NDPI nei software Hamamatsu NDP.view2, QuPath, Fiji/ImageJ con Bio-Formats e nelle applicazioni basate sulla libreria OpenSlide. Un file NDPI può avere dimensioni di molti gigabyte e può includere diversi livelli di risoluzione, quindi non equivale a una normale fotografia a singolo livello.

Cos'è il formato JPG

JPG, chiamato anche JPEG, è un formato di immagini raster ampiamente supportato che utilizza la compressione con perdita. È adatto per anteprime di vetrini, report, presentazioni, siti web, allegati email e attività generiche di modifica delle immagini.

I file JPG sono normalmente molto più piccoli dei file NDPI e si aprono senza software specializzato per la microscopia. Il formato non conserva la piramide NDPI, i metadati specifici dello scanner, le annotazioni, i diversi piani focali o i dati diagnostici dell'immagine.

Come convertire effettivamente NDPI in JPG

Utilizzare il convertitore online

Puoi convertire il file su 101convert.com gratuitamente, senza installare software. Carica il file .ndpi, scegli JPG come formato di output, avvia la conversione e scarica l'immagine risultante. Per i vetrini molto grandi, utilizza un metodo desktop oppure esporta una regione più piccola, perché un JPG a piena risoluzione potrebbe superare i limiti di memoria o di dimensione del file.

Esportare un'anteprima del vetrino con OpenSlide e Python

OpenSlide è progettato per leggere i formati di vetrini interi, inclusi molti file NDPI. Installa la libreria di sistema OpenSlide per il tuo sistema operativo, quindi installa i binding Python e Pillow:

pip install openslide-python pillow

Salva questo codice come ndpi_to_jpg.py e sostituisci il nome del file di input:

import openslide

slide = openslide.OpenSlide("sample.ndpi")
image = slide.get_thumbnail((6000, 6000)).convert("RGB")
image.save("sample.jpg", "JPEG", quality=90, optimize=True)

Eseguilo con:

python ndpi_to_jpg.py

get_thumbnail() crea un'anteprima dell'intero vetrino limitata a 6000 × 6000 pixel. Aumenta queste dimensioni per ottenere maggiori dettagli, ma controlla la memoria disponibile prima di esportare immagini molto grandi.

Esportare una regione selezionata ad alta risoluzione

Per un'area di tessuto che deve conservare più dettagli, leggi una regione a un livello della piramide scelto invece di convertire l'intero vetrino:

import openslide

slide = openslide.OpenSlide("sample.ndpi")
region = slide.read_region((10000, 15000), 0, (4000, 3000)).convert("RGB")
region.save("region.jpg", "JPEG", quality=95)

Le coordinate sono misurate dall'angolo superiore sinistro al livello 0, generalmente la risoluzione più alta disponibile. Modifica la posizione e le dimensioni in base all'area di tessuto richiesta. Le coordinate del livello 0 e i livelli disponibili possono essere esaminati con slide.level_dimensions.

Utilizzare QuPath o Fiji

QuPath può aprire i file NDPI supportati tramite OpenSlide. Apri il vetrino, seleziona la vista o la regione richiesta e utilizza File → Export images per esportare un JPG. In Fiji/ImageJ, apri il file tramite File → Open Samples oppure tramite l'importer Bio-Formats, quindi utilizza File → Save As → JPEG. I nomi dei menu possono variare in base alla versione dell'applicazione e ai plugin installati.

Qualità, compatibilità e limitazioni

L'esportazione in JPG comporta una perdita di qualità. Utilizza un valore di qualità compreso indicativamente tra 90 e 95 per l'uso generale ed evita di aprire e salvare ripetutamente lo stesso JPG. PNG o TIFF sono preferibili quando sono richieste analisi a livello di pixel, annotazioni o conservazione senza perdita.

Un JPG dell'intero vetrino potrebbe essere ancora troppo grande per alcuni visualizzatori anche dopo la compressione. L'esportazione di una miniatura o di una regione è generalmente più compatibile rispetto alla conversione dell'intero vetrino in un'unica immagine alla massima risoluzione.

Non utilizzare un JPG come sostituto d'archivio o diagnostico del file NDPI originale. Il JPG elimina la struttura a più risoluzioni e può introdurre artefatti di compressione che influenzano i dettagli cellulari fini. Conserva il file NDPI originale e considera il JPG una copia per la presentazione o la condivisione.