Convertitore online gratuito da NDPI a PNG

I file NDPI sono immagini di microscopia whole-slide, mentre PNG è supportato dai normali editor di immagini, browser e software per presentazioni. La conversione è utile quando è necessario condividere l’immagine di un vetrino, annotare una regione selezionata o utilizzare dati di microscopia in software che non è in grado di leggere il formato di Hamamatsu.

Che cos’è il formato NDPI

NDPI è il formato di patologia digitale di Hamamatsu per i vetrini microscopici scansionati prodotti dai sistemi NanoZoomer. Contiene comunemente una piramide di immagini molto grande e multi-risoluzione e può inoltre memorizzare più piani focali, immagini delle etichette e metadati del vetrino.

In genere si incontrano file NDPI nei laboratori di patologia, nella ricerca medica, nelle strutture universitarie di imaging e nei dataset esportati dagli scanner Hamamatsu NanoZoomer. Poiché un vetrino può contenere miliardi di pixel, un file NDPI è molto più grande e complesso di una normale fotografia. Il supporto varia a seconda delle applicazioni; QuPath, Fiji con Bio-Formats e i software basati su OpenSlide sono in grado di leggere molti file NDPI.

Che cos’è il formato PNG

PNG è un formato di immagine raster senza perdita supportato dai browser web, dagli editor di immagini, dai software per ufficio e dalla maggior parte dei sistemi operativi. Preserva i valori esatti dei pixel durante la codifica e supporta la trasparenza, ma non conserva la piramide di immagini, i dati dei piani focali, le annotazioni o i metadati dello scanner di NDPI in una forma generalmente utilizzabile.

PNG è adatto per figure, screenshot, regioni di tessuto annotate, report e visualizzazione sul web. Di norma non è adatto come archivio sostitutivo del vetrino originale, perché un’esportazione whole-slide a piena risoluzione può avere dimensioni estremamente grandi.

Come convertire effettivamente NDPI in PNG

Utilizzo di 101convert.com

1. Aprire il convertitore da NDPI a PNG su 101convert.com; il servizio può essere utilizzato gratuitamente senza installare software.
2. Caricare il file .ndpi e selezionare PNG come formato di output.
3. Avviare la conversione e scaricare il file .png risultante al termine dell’elaborazione.

Per i vetrini di dimensioni molto grandi, i limiti di caricamento, i tempi di elaborazione e le dimensioni dell’output possono impedire una conversione completa a piena risoluzione. L’esportazione di una regione selezionata con un software desktop per la patologia è generalmente più pratica.

Utilizzo di QuPath

1. Installare QuPath e aprire il file NDPI con File → Open. QuPath utilizza il supporto Bio-Formats o OpenSlide a seconda del file e della configurazione.
2. Impostare la visualizzazione dell’immagine sull’ingrandimento richiesto. Per un vetrino completo, utilizzare la funzione di esportazione dell’immagine; per una sezione di tessuto, definire prima una regione rettangolare o un’annotazione.
3. Scegliere File → Export image o il comando di esportazione corrispondente nella propria versione di QuPath, selezionare PNG e impostare la risoluzione di output o il fattore di downsampling.
4. Esportare l’immagine. Se l’area selezionata supera i limiti di PNG o della memoria, esportare più tile invece di un unico file enorme.

Utilizzo di Fiji e Bio-Formats

1. Installare Fiji, che include l’importer Bio-Formats.
2. Aprire il file con File → Open oppure utilizzare Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Importer.
3. Scegliere la serie, il livello di risoluzione e la regione richiesti nell’importer. Evitare di aprire il vetrino alla piena risoluzione nativa, a meno che il computer disponga di memoria e spazio di archiviazione sufficienti.
4. Salvare l’immagine visualizzata o selezionata con File → Save As → PNG.

Qualità, compatibilità e limitazioni

La compressione PNG è senza perdita, ma la conversione non può ripristinare i dettagli eliminati selezionando un livello inferiore della piramide o applicando il downsampling. Registrare la dimensione in pixel esportata, l’ingrandimento e le coordinate della regione se il PNG verrà utilizzato per misurazioni o pubblicazioni.

Un PNG dell’intero vetrino può superare i comuni limiti relativi alle dimensioni dell’immagine o alla memoria. QuPath o Fiji possono esportare in modo più affidabile una panoramica sottoposta a downsampling o tile separati rispetto a un’unica immagine a risoluzione nativa. Conservare il file NDPI originale per l’uso diagnostico, quantitativo o di archiviazione, poiché PNG normalmente omette la piramide di immagini NDPI, i metadati dello scanner, i livelli di messa a fuoco e la struttura specifica della patologia.

I file NDPI possono contenere informazioni sul paziente o sul campione nei metadati o nei nomi dei file. Rimuovere le informazioni identificative prima di condividere le immagini esportate e verificare il PNG con uno zoom del 100% dopo la conversione per controllare ritaglio, orientamento, colore e risoluzione selezionata.