Convertitore online gratuito da VSI a PNG

Il software per microscopi Olympus archivia le immagini whole-slide in VSI, mentre molti editor di immagini, browser e sistemi di documentazione accettano invece PNG. La conversione del file produce un’immagine raster portatile per la condivisione, l’annotazione, l’uso sul Web o la modifica di base, ma può rappresentare solo una visualizzazione selezionata del vetrino anziché l’intero dataset a più risoluzioni.

Cos’è il formato VSI

VSI di solito significa Virtual Slide Image, un formato proprietario per la microscopia whole-slide creato da software Olympus come cellSens e visualizzato con OlyVIA. Memorizza immagini microscopiche a più risoluzioni, spesso sotto forma di dati suddivisi in tile, insieme ai metadati di acquisizione.

Un dataset VSI può includere file .ets associati contenenti dati immagine. Mantieni il file .vsi e i relativi file associati nella stessa cartella; l’apertura del solo file VSI può produrre un’immagine incompleta o un errore relativo alla serie mancante. Se l’estensione proviene da un software diverso dalle applicazioni Olympus per la microscopia, identifica prima tale origine, poiché VSI non è un formato universale a singolo scopo.

Cos’è il formato PNG

PNG è un formato raster senza perdita ampiamente supportato. Preserva i valori dei pixel senza la perdita generazionale associata a JPEG e supporta la trasparenza, risultando adatto per figure, screenshot, annotazioni di vetrini, presentazioni e pagine Web.

PNG non conserva la struttura del dataset VSI, i metadati del microscopio, i livelli di messa a fuoco o la piramide delle risoluzioni. Un PNG convertito è normalmente un unico piano immagine rasterizzato o un singolo campo visivo selezionato.

Come convertire VSI in PNG

Utilizzo di Fiji e Bio-Formats

1. Installa Fiji, che include l’importer Bio-Formats, e conserva ogni file appartenente al dataset VSI in un’unica cartella.
2. Avvia Fiji e scegli File → Open, quindi seleziona il file .vsi. Se Fiji chiede di utilizzare Bio-Formats, accetta.
3. Nella finestra Bio-Formats Import Options, seleziona la serie richiesta. Per un file whole-slide, scegli il livello di risoluzione o la regione desiderata invece di caricare il vetrino alla massima risoluzione se la memoria del computer è limitata.
4. Per un’immagine completa o un’area selezionata, utilizza gli strumenti di ritaglio o di selezione della regione di Fiji. Converti la visualizzazione in RGB tramite Image → Type → RGB Color quando l’output deve essere un PNG a colori standard.
5. Scegli File → Save As → PNG e salva il risultato con un’estensione .png.

L’esportazione PNG da Fiji salva generalmente il piano immagine attivo. Se l’importazione ha aperto uno stack, esporta la slice richiesta oppure utilizza un workflow di sequenza di immagini per più piani; non aspettarti che un singolo file PNG contenga lo stack VSI originale.

Utilizzo del software Olympus

Apri il dataset in OlyVIA o cellSens, seleziona l’ingrandimento e la regione richiesti, quindi utilizza il comando di esportazione delle immagini dell’applicazione, generalmente disponibile in File → Export o File → Save As. Scegli PNG e imposta le dimensioni o la risoluzione di esportazione prima di salvare. I nomi dei menu variano tra le diverse versioni dei prodotti Olympus.

Conversione online

Puoi convertire gratuitamente il file sul sito Web 101convert.com senza installare software. Carica il dataset VSI completo quando il convertitore richiede i file associati; un file .vsi autonomo potrebbe non contenere tutti i pixel dell’immagine. La conversione online non è adatta a dati riservati di pazienti o di ricerca, a meno che i termini di gestione dei dati del sito non soddisfino i tuoi requisiti.

Limitazioni relative a qualità e compatibilità

Scegli deliberatamente la risoluzione di output. L’esportazione di una panoramica a bassa risoluzione crea un PNG di piccole dimensioni, ma elimina i dettagli cellulari fini; l’esportazione di un intero vetrino alla massima risoluzione può creare un’immagine molto grande, oltre i limiti di PNG, dei browser o delle applicazioni.

PNG supporta dati in scala di grigi e RGB a 8 e 16 bit, ma i visualizzatori comuni possono visualizzare le immagini a 16 bit in modo errato o ridurle a 8 bit. Per le figure a colori di uso comune, PNG RGB è la scelta più compatibile. Conserva i file VSI originali quando sono importanti i metadati, la calibrazione, gli z-stack, i piani focali multipli o la rielaborazione futura.