Convertitore online gratuito da OIB a PNG

Cos'è il formato OIB

OIB, ovvero Olympus Image Binary, è un contenitore proprietario utilizzato dai sistemi di imaging Olympus, come FluoView e i software per microscopi correlati. Un file OIB può archiviare una o più serie di immagini con metadati, canali, stack Z, punti temporali e impostazioni di acquisizione. È possibile incontrarlo dopo aver ricevuto dati di microscopia confocale o aver esportato immagini da un software di imaging Olympus.

Cos'è il formato PNG

PNG è un formato di immagini raster senza perdita supportato da browser web, software per presentazioni, editor di immagini e sistemi operativi. Preserva i valori dei pixel senza gli artefatti della compressione tipica di JPEG e supporta la trasparenza, ma non conserva i metadati del microscopio né la struttura multidimensionale contenuta in un file OIB. PNG è adatto per un piano 2D selezionato, un'immagine di un canale o una proiezione renderizzata di uno stack Z.

Come convertire OIB in PNG

Utilizzo di Fiji e Bio-Formats

Fiji è una pratica soluzione desktop, poiché il suo importer Bio-Formats è in grado di leggere molte varianti Olympus OIB.

1. Installare Fiji dalla distribuzione ufficiale di Fiji e avviarlo.
2. Scegliere File → Open e selezionare il file .oib. Normalmente Fiji avvia automaticamente Bio-Formats; in caso contrario, utilizzare Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Importer.
3. Nella finestra di importazione, selezionare la serie richiesta e configurare il canale, la sezione Z e il punto temporale. Utilizzare una visualizzazione composita o colorizzata se l'aspetto esportato deve corrispondere a quello visualizzato dal microscopio.
4. Per un singolo piano visualizzato, scegliere File → Save As → PNG e specificare un nome file come sample.png.
5. Per uno stack Z, utilizzare Image → Stacks → Z Project, selezionare un metodo di proiezione come Maximum Intensity, quindi salvare l'immagine 2D risultante con File → Save As → PNG.

Per convertire senza installare software, caricare il file OIB nel convertitore di 101convert.com, scegliere PNG come formato di output, avviare la conversione e scaricare il file risultante. Questa soluzione è adatta alla normale esportazione di immagini; verificare attentamente l'output quando l'OIB contiene dati di ricerca sensibili o più serie.

Utilizzo del software Olympus

Se il file è stato creato in Olympus FluoView o in un software di imaging Olympus compatibile, aprirlo, selezionare la serie o il piano richiesto e utilizzare File → Export o Save As per scegliere PNG. Il nome esatto del menu dipende dalla versione del software. Esportare l'immagine composita visualizzata quando è necessario conservare i colori dei canali e le annotazioni.

Considerazioni sulla qualità e sulla compatibilità

L'esportazione in PNG produce generalmente un'immagine RGB a 8 bit o indicizzata adatta alla visualizzazione, non un archivio di dati scientifici. Un file OIB in scala di grigi a 16 bit o multicanale potrebbe essere ridotto o renderizzato durante l'esportazione, a seconda dell'importer e delle impostazioni selezionate; conservare il file OIB originale per le analisi quantitative.

Controllare le dimensioni dell'output, i colori dei canali, la profondità di bit e l'aspetto della barra della scala dopo la conversione. Se l'OIB contiene più serie, la conversione della sola prima serie aperta può escludere altri campi visivi o condizioni di acquisizione. PNG non conserva tutti i metadati OIB, le informazioni di calibrazione, i dati sulla posizione Z, i punti temporali o le impostazioni del microscopio.