Convertitore online gratuito da OIB a TIFF

Cos'è il formato OIB

OIB significa Olympus Image Binary. È un contenitore proprietario utilizzato dai sistemi Olympus per microscopia a fluorescenza, confocale e di altro tipo per archiviare piani immagine, canali, z-stack, punti temporali, miniature e metadati di acquisizione.

I file OIB vengono comunemente creati da Olympus cellSens, Olympus FluoView e software di imaging Olympus correlati. È possibile incontrarli quando si ricevono dati di microscopia da uno strumento Olympus o si esporta un esperimento da una workstation Olympus. Un OIB può contenere più serie di immagini, quindi non è sempre equivalente a una singola immagine ordinaria.

Cos'è il formato TIFF

TIFF è un formato di immagini raster ampiamente supportato, utilizzato da editor di immagini, software per immagini scientifiche, sistemi di pubblicazione e flussi di lavoro di archiviazione. Supporta immagini in scala di grigi, RGB e con elevata profondità di bit e può utilizzare compressione senza perdita come LZW o Deflate.

TIFF è adatto quando un'altra applicazione non riesce ad aprire OIB, quando è necessario modificare singoli piani o quando serve una copia di archiviazione ampiamente leggibile. Per z-stack, serie temporali e dati multicanale, OME-TIFF è preferibile perché memorizza metadati standardizzati di microscopia insieme ai dati immagine TIFF.

Come convertire effettivamente OIB in TIFF

Utilizzo di Fiji e Bio-Formats

1. Installare Fiji, che normalmente include Bio-Formats Importer.
2. Aprire il file tramite File → Open e selezionare sample.oib. Se Fiji chiede quale serie aprire, scegliere la serie richiesta.
3. Nella finestra di dialogo di importazione di Bio-Formats, mantenere la profondità di bit originale. Utilizzare un hyperstack o un virtual stack per z-stack e serie temporali di grandi dimensioni; evitare la conversione in RGB a meno che non sia richiesta dalla destinazione.
4. Per un singolo piano o un'immagine semplice, scegliere File → Save As → Tiff e salvare come sample.tif.
5. Per un dataset multidimensionale, utilizzare Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Exporter quando disponibile e selezionare OME-TIFF o un'altra opzione di output TIFF. Verificare che canali, slice e frame siano inclusi prima dell'esportazione.

Utilizzo della riga di comando di Bio-Formats

L'utility da riga di comando di Bio-Formats può convertire un dataset OIB semplice con:

bfconvert sample.oib sample.tif

Utilizzare l'opzione di selezione della serie quando l'OIB contiene più serie, ad esempio bfconvert -series 0 sample.oib sample.tif. Esportare separatamente ogni serie richiesta quando l'applicazione di destinazione non è in grado di leggere dati multipagina o OME-TIFF.

Conversione senza software installato

È possibile convertire il file sul sito web 101convert.com gratuitamente, senza installare software. Caricare l'OIB, scegliere TIFF come formato di output, avviare la conversione e scaricare il file risultante. Non utilizzare questo metodo per dati riservati di pazienti, dati clinici o dati di ricerca non pubblicati, a meno che i termini del sito relativi a privacy e conservazione dei dati non soddisfino i propri requisiti.

Qualità, compatibilità e limitazioni

La conversione in TIFF non migliora i dati della microscopia; modifica il contenitore e può cambiare il modo in cui vengono rappresentati i metadati e le dimensioni. Conservare l'OIB originale come file sorgente, quindi esaminare il TIFF per verificare profondità di bit, ordine dei canali, numero di z-slice, punti temporali, informazioni sulla scala e orientamento.

Un TIFF convenzionale può appiattire un hyperstack, eliminare i metadati di acquisizione o salvare solo il piano attualmente visualizzato. L'esportazione in OME-TIFF tramite Bio-Formats è più sicura per l'analisi scientifica perché può mantenere la struttura multidimensionale e i metadati standardizzati. La compressione TIFF senza perdita non riduce i valori dei pixel, mentre la compressione JPEG può introdurre artefatti e dovrebbe essere evitata per la microscopia quantitativa.