Convertitore online gratuito da LIF a TIFF

Cos’è il formato LIF

LIF, che di solito sta per Leica Image File, è un contenitore proprietario per la microscopia creato da software Leica Microsystems come Leica Application Suite e LAS X. Un singolo file LIF può contenere più serie di immagini con canali separati, z-stack, punti temporali, scansioni a tasselli e metadata del microscopio.

I file LIF vengono comunemente prodotti dai sistemi di microscopia a fluorescenza, confocale e widefield Leica. Potrebbero non aprirsi correttamente nelle normali applicazioni per foto o documenti perché i dati immagine possono essere multidimensionali anziché costituire una singola immagine piatta.

Cos’è il formato TIFF

TIFF è un formato raster ampiamente supportato utilizzato da editor di immagini, applicazioni di desktop publishing, software scientifici e flussi di lavoro di archiviazione. Supporta immagini in scala di grigi, RGB e multicanale, nonché dati pixel a 8-bit, 16-bit e alcuni 32-bit.

TIFF è adatto quando sono necessarie un’elevata qualità dell’immagine e un’ampia compatibilità. La compressione LZW e ZIP è senza perdita; i file TIFF non compressi sono più grandi, mentre TIFF con compressione JPEG può eliminare informazioni ed è generalmente inadatto alla microscopia quantitativa.

Come convertire LIF in TIFF

Utilizzo di Fiji con Bio-Formats

1. Installare Fiji, che include il microscopy importer Bio-Formats.
2. Aprire Fiji e scegliere Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Importer.
3. Selezionare il file .lif. Se contiene più serie, scegliere la serie richiesta nella finestra di dialogo per la selezione delle serie.
4. Mantenere la profondità di bit originale. Abilitare opzioni come View stack with o Open all series solo quando è necessario uno stack o più serie in Fiji.
5. Per un TIFF ordinario, scegliere File → Save As → Tiff e specificare il nome del file di output.
6. Per un dataset multidimensionale, utilizzare Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Exporter quando disponibile, quindi selezionare TIFF o OME-TIFF e configurare le impostazioni richieste per la compressione e le dimensioni.

Fiji può anche aprire i file LIF tramite File → Open quando il reader Bio-Formats è registrato, ma Bio-Formats Importer offre un maggiore controllo su serie, canali e stack.

Utilizzo del convertitore online

È possibile convertire il file gratuitamente sul sito web 101convert.com senza installare software. Caricare il file LIF, selezionare TIFF come formato di output, avviare la conversione e scaricare il file risultante. Non caricare dati riservati di pazienti o di ricerca, a meno che i requisiti di privacy applicabili consentano l’elaborazione esterna.

Considerazioni su qualità e compatibilità

Un file LIF può contenere diversi dataset, pertanto la conversione può produrre un TIFF per ogni serie, canale o punto temporale anziché un singolo file che rappresenti l’intera acquisizione. Verificare l’output del convertitore confrontandolo con l’elenco delle serie originali.

Il TIFF standard può archiviare immagini multipagina e stack, ma molte applicazioni non specifiche per la microscopia visualizzano soltanto la prima pagina. OME-TIFF è preferibile per la microscopia multidimensionale perché può conservare metadata strutturati relativi a dimensioni e acquisizione, sebbene alcuni editor di immagini ordinari non interpretino tali metadata.

Conservare i dati a 16-bit per le misurazioni quantitative, i confronti di intensità e le elaborazioni successive. La conversione a 8-bit riduce l’intervallo di intensità disponibile e non può essere annullata. Verificare la dimensione dei pixel, il passo z, l’intervallo temporale, le etichette dei canali e la calibrazione dopo la conversione, poiché l’esportazione TIFF può omettere i metadata specifici di Leica anche quando l’immagine visibile viene preservata.