Convertitore online gratuito da LIF a OME.TIFF

Il software e gli strumenti di microscopia Leica salvano comunemente le acquisizioni di immagini multidimensionali come LIF, mentre molti strumenti di analisi, archiviazione e interoperabilità richiedono OME-TIFF. La conversione del file preserva i piani dell’immagine e, quando è supportato dall’importer, i metadata di microscopia in un formato basato su TIFF ampiamente leggibile.

Che cos’è il formato LIF

LIF è il container proprietario di Leica Microsystems per acquisizioni di fluorescenza, confocali e di altro tipo in microscopia. Un singolo file può contenere più serie di immagini, canali, z-stack, punti temporali, scene e metadata di acquisizione. Leica LAS X e le versioni precedenti del software di imaging Leica creano file LIF, che sono quindi comuni quando i dati vengono esportati direttamente dai microscopi Leica.

Poiché LIF è proprietario e può contenere diverse serie indipendenti, i normali visualizzatori di immagini spesso mostrano solo una parte dei dati oppure non riescono ad aprirlo.

Che cos’è il formato OME-TIFF

OME-TIFF memorizza i dati delle immagini TIFF insieme ai metadata OME-XML, che descrivono dimensioni quali dimensione, canali, profondità z, punti temporali, tipo di pixel e calibrazione fisica. È supportato da Fiji, ImageJ, Bio-Formats, napari, OMERO, QuPath e altri software di imaging scientifico.

Utilizza OME-TIFF quando l’applicazione di destinazione richiede un formato di microscopia aperto e documentato o quando il dataset deve conservare la struttura multidimensionale invece di essere ridotto a un JPEG piatto o a un TIFF ordinario. I dataset di grandi dimensioni possono essere scritti come BigTIFF o come sequenza OME-TIFF composta da più file.

Come convertire LIF in OME-TIFF

Utilizzo di Fiji e Bio-Formats

1. Installa Fiji, che include il reader e il writer Bio-Formats.
2. Apri il file con File → Open e seleziona sample.lif. Nella finestra di dialogo Bio-Formats Import Options, scegli la serie richiesta. Abilita Use virtual stack per i dataset troppo grandi per essere caricati in memoria.
3. Per una singola serie selezionata, utilizza Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Exporter.
4. Imposta il nome del file di output su sample.ome.tiff, scegli una compressione senza perdita come LZW oppure nessuna compressione, quindi salva.
5. Ripeti l’esportazione per ogni serie LIF se il file contiene più scene o acquisizioni. Verifica il file esportato riaprendolo con Bio-Formats e controllando canali, sezioni z, punti temporali e calibrazione dei pixel.

Utilizzo degli strumenti da riga di comando Bio-Formats

Installa gli strumenti da riga di comando Bio-Formats ed esegui:

bfconvert input.lif output.ome.tiff

Per convertire una serie da un LIF contenente più serie, specifica l’indice della serie basato su zero:

bfconvert -series 0 input.lif output.ome.tiff

Per utilizzare la compressione LZW senza perdita, esegui:

bfconvert -compression LZW input.lif output.ome.tiff

Controlla OME-XML e le dimensioni generate con showinf output.ome.tiff, un’altra utility da riga di comando Bio-Formats. Per una conversione occasionale senza installare software, è possibile utilizzare il convertitore gratuito su 101convert.com.

Qualità, compatibilità e limitazioni

• Scegli la compressione senza perdita o nessuna compressione per la microscopia quantitativa; la compressione JPEG può alterare i valori di intensità e introdurre artefatti.
• Un LIF può contenere diverse serie con dimensioni differenti. L’esportazione della sola serie attualmente selezionata non converte le altre serie.
• Il supporto dei metadata OME-TIFF dipende dal reader. Dopo la conversione, verifica i nomi dei canali, le assegnazioni dei colori, la dimensione fisica dei pixel, la spaziatura z, gli intervalli temporali e le date di acquisizione.
• I file molto grandi possono superare i limiti del TIFF classico. Utilizza BigTIFF o un’opzione OME-TIFF composta da più file quando l’exporter la offre e verifica che l’applicazione di destinazione supporti questa variante.
• Non utilizzare l’esportazione di immagini ordinarie se è necessario preservare z-stack, serie temporali, canali o metadata di microscopia; utilizza invece l’importazione e l’esportazione Bio-Formats.