Convertitore online gratuito da LSM a OME.TIFF

I file LSM spesso devono essere convertiti quando software di microscopia come OMERO, napari o pipeline di analisi richiedono OME-TIFF invece del formato nativo di Zeiss. OME-TIFF offre inoltre un modo più portabile per condividere immagini confocali multidimensionali mantenendo i metadati di acquisizione.

Cos'è il formato LSM

LSM è un formato di immagini per Zeiss Laser Scanning Microscope creato da sistemi confocali e software Zeiss meno recenti, come Zeiss LSM e ZEN. È basato su TIFF, ma utilizza tag e metadati specifici di Zeiss per dimensioni quali canali, sezioni z, punti temporali e serie. I file LSM contengono comunemente stack di fluorescenza multicanale, dati di calibrazione, impostazioni di acquisizione e talvolta diverse serie di immagini in un unico file.

Cos'è il formato OME.TIFF

OME-TIFF è un formato basato su TIFF definito da Open Microscopy Environment. Memorizza i piani delle immagini in TIFF e descrive dimensioni, nomi dei canali, dimensioni fisiche dei pixel, punti temporali e altri metadati in OME-XML incorporato nel file o referenziato esternamente. OME-TIFF è supportato da Bio-Formats, Fiji, ImageJ, napari, OMERO, QuPath e da numerosi flussi di lavoro di imaging scientifico. È preferibile quando il software necessita di metadati multidimensionali standardizzati invece dei tag LSM specifici di Zeiss. La compressione TIFF, come LZW o Deflate, può ridurre le dimensioni del file senza modificare i valori dei pixel; la compressione JPEG dovrebbe essere evitata per la microscopia quantitativa.

Come convertire LSM in OME.TIFF

Utilizzo di Fiji

1. Installare Fiji, che include i plugin Bio-Formats.
2. Aprire il file tramite File → Open oppure utilizzare Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Importer se Fiji non lo identifica automaticamente.
3. Nell'importatore, selezionare la serie richiesta e mantenere la struttura dimensionale originale. Abilitare opzioni come Split channels solo se sono necessarie immagini separate per ciascun canale; altrimenti mantenere uniti i canali.
4. Esportare tramite Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Exporter e scegliere un nome file di output che termini con .ome.tiff. Se disponibile, selezionare la compressione LZW o Deflate.
5. Riaprire il file esportato con Bio-Formats e verificare il numero di canali, la profondità z, i punti temporali, le dimensioni dei pixel e la calibrazione fisica.

Utilizzo di Bio-Formats dalla riga di comando

L'utility bfconvert di Bio-Formats è adatta per conversioni ripetibili e grandi batch. Una conversione di base è:

bfconvert input.lsm output.ome.tiff

Per utilizzare la compressione LZW senza perdita, eseguire:

bfconvert -compression LZW input.lsm output.ome.tiff

Per i file che potrebbero superare il limite di dimensione del TIFF classico, richiedere l'output BigTIFF:

bfconvert -bigtiff -compression LZW input.lsm output.ome.tiff

Se un LSM contiene più serie, esaminare le serie con Bio-Formats prima della conversione e convertire esplicitamente la serie desiderata. A seconda della versione di Bio-Formats, la selezione della serie utilizza un'opzione come -series 0:

bfconvert -series 0 input.lsm output.ome.tiff

Utilizzare la versione di Bio-Formats distribuita con Fiji o gli strumenti Bio-Formats aggiornati, poiché il supporto per i metadati LSM meno recenti varia tra le versioni.

Utilizzo del convertitore online

È possibile convertire gratuitamente un file LSM su 101convert.com senza installare software. Per dati di microscopia riservati o file multidimensionali molto grandi, la conversione locale con Fiji o Bio-Formats evita di caricare il dataset e offre generalmente un maggiore controllo sulla selezione delle serie, sulla compressione e sull'output BigTIFF.

Qualità, compatibilità e limitazioni

Bio-Formats normalmente conserva i valori originali dei pixel durante l'esportazione senza compressione, con LZW o con Deflate. La conversione non aumenta la risoluzione spaziale né ripristina informazioni mancanti dal file LSM. Verificare i metadati dopo l'esportazione, poiché le etichette dei canali, le tabelle di lookup, le posizioni del tavolino, le regioni di interesse, le impostazioni proprietarie di acquisizione e alcune annotazioni specifiche dello strumento potrebbero non essere mappate completamente in OME-XML. Verificare che il file esportato mantenga la profondità di bit originale; convertire dati a 16 bit in dati a 8 bit modifica i valori di intensità e può invalidare le misurazioni quantitative. Un OME-TIFF multidimensionale può contenere molte pagine TIFF e superare i 4 GB. Utilizzare BigTIFF quando necessario, ma verificare che l'applicazione di destinazione supporti BigTIFF e la compressione scelta. Se un'applicazione non riesce a leggere lo stack risultante, esportare una serie selezionata oppure suddividere i canali e i punti temporali in file OME-TIFF separati. Per il lavoro quantitativo, confrontare valori rappresentativi dei pixel ed esaminare i metadati con Fiji o con un visualizzatore di metadati Bio-Formats prima di eliminare il file LSM originale.

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