Convertitore online gratuito da ZVI a OME.TIFF

Cos'è il formato ZVI

ZVI (Zeiss Vision Image) è un formato proprietario di microscopia utilizzato dai software di acquisizione Carl Zeiss meno recenti, in particolare AxioVision e sistemi correlati. Un file ZVI può contenere piani immagine, punti temporali, canali, sezioni focali, più serie e metadati di acquisizione in un unico file.

In genere si incontrano file ZVI quando si ricevono dati da microscopi Zeiss meno recenti o da laboratori che utilizzavano AxioVision. Il formato è meno portabile di TIFF perché il supporto dipende da lettori specializzati come Bio-Formats.

Cos'è il formato OME-TIFF

OME-TIFF combina dati immagine TIFF con metadati OME-XML che descrivono dimensioni quali canali, sezioni Z, punti temporali, dimensioni dei pixel e serie di immagini. È progettato per l'imaging scientifico anziché per le normali fotografie statiche.

OME-TIFF è supportato da Fiji, ImageJ con Bio-Formats, QuPath, napari tramite lettori compatibili e molti sistemi di gestione dei dati di ricerca. È una scelta adatta quando il file convertito deve conservare le dimensioni e i metadati della microscopia invece di diventare una singola immagine appiattita.

Come convertire effettivamente ZVI in OME-TIFF

Utilizzo di Fiji

1. Installa Fiji, che include l'importatore e l'esportatore Bio-Formats.
2. Apri il file tramite File → Open oppure Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Importer, quindi seleziona sample.zvi.
3. Nella finestra di dialogo Bio-Formats Import Options, mantieni attivata l'opzione Display metadata se devi esaminare la sorgente e scegli la serie richiesta. Utilizza le opzioni View stack with che preservano tutte le dimensioni Z, dei canali e temporali.
4. Esporta l'immagine aperta tramite Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Exporter.
5. Scegli sample.ome.tiff come nome del file di output, seleziona OME-TIFF se viene mostrata una scelta del formato e scegli una compressione senza perdita, come LZW, quando disponibile.

Se Fiji apre più serie, esporta separatamente ogni serie richiesta quando l'applicazione di destinazione non è in grado di gestire file OME-TIFF con più serie. Conserva il file ZVI originale come copia di conservazione.

Utilizzo della riga di comando Bio-Formats

Lo strumento da riga di comando Bio-Formats bfconvert può eseguire una conversione diretta:

bfconvert -compression LZW input.zvi output.ome.tiff

Utilizza la versione di Bio-Formats fornita con la versione corrente di Fiji o con la distribuzione Bio-Formats. Per i file contenenti più serie, esamina prima l'input e converti una serie specifica quando necessario, utilizzando l'opzione per la serie appropriata alla versione. L'estensione di output .ome.tiff richiede un output OME-TIFF.

Utilizzo del convertitore online

Puoi anche convertire il file gratuitamente su 101convert.com senza installare software. Questa opzione è pratica per un file di piccole dimensioni e non sensibile; non caricare dati di microscopia relativi a pazienti, proprietari o soggetti a normative, a meno che il servizio non soddisfi i requisiti di sicurezza della tua organizzazione.

Qualità, compatibilità e limitazioni

In genere Bio-Formats trasferisce i dati dei pixel e i metadati dimensionali standard, ma alcune impostazioni di acquisizione specifiche di Zeiss, annotazioni proprietarie, preimpostazioni di visualizzazione e metadati dello strumento potrebbero non essere mappati completamente in OME-XML. Dopo la conversione, confronta il numero di canali, la profondità Z, i punti temporali, le dimensioni dei pixel e le dimensioni fisiche dei pixel.

Utilizza LZW senza perdita o un output non compresso quando i valori numerici dei pixel devono rimanere invariati. Evita la compressione JPEG per la microscopia quantitativa perché modifica i valori dei pixel. OME-TIFF può essere più grande del file ZVI originale, soprattutto con dati non compressi.

I dataset molto grandi possono superare i limiti del TIFF classico. Utilizza BigTIFF quando l'esportatore lo offre e l'applicazione ricevente lo supporta. Verifica che il software di destinazione riconosca l'OME-XML generato e tutte le serie previste prima di eliminare o archiviare la sorgente.