Convertitore online gratuito da VSI a TIFF

Che cos’è il formato VSI

VSI è un formato proprietario per virtual slide utilizzato da Olympus, ora Evident, con scanner per microscopi come il VS-120. OlyVIA e i software di imaging Olympus correlati creano e aprono file VSI per la microscopia di interi vetrini.

Un dataset VSI contiene generalmente un file .vsi principale, oltre a cartelle o file associati contenenti tile di immagini, più risoluzioni, canali, piani di messa a fuoco e metadati del microscopio. L’immagine è comunemente memorizzata come una piramide con tile e più risoluzioni, anziché come una singola bitmap ordinaria. È possibile incontrare file VSI nei laboratori di patologia, negli archivi di ricerca e nei dataset esportati dagli scanner Olympus per vetrini.

Che cos’è il formato TIFF

TIFF è un formato di immagini raster ampiamente supportato, utilizzato da ImageJ, Photoshop, software di imaging scientifico, applicazioni di desktop publishing e archivi digitali. Supporta la compressione senza perdita, profondità di bit elevate, più canali e immagini di grandi dimensioni; BigTIFF è necessario quando l’output supera il limite dimensionale del TIFF classico, pari a circa 4 GB.

TIFF è appropriato quando è necessario un campo microscopico selezionato per l’analisi, un’immagine appiattita per la modifica o una copia d’archivio ampiamente compatibile. Un TIFF normale non conserva automaticamente tutte le caratteristiche di un virtual slide VSI, come la piramide completa, le annotazioni dello scanner, i metadati proprietari o tutte le serie di messa a fuoco e dei canali.

Come convertire effettivamente VSI in TIFF

Utilizzo di Fiji e Bio-Formats

1. Installare Fiji, che include l’importer Bio-Formats. Conservare il file originale .vsi e tutte le cartelle fornite con esso nella stessa struttura relativa.
2. Aprire il file con File → Open, oppure utilizzare Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Importer, quindi selezionare il file .vsi.
3. Nella finestra di importazione, selezionare la serie di immagini richiesta. Un vetrino può esporre diverse serie per risoluzioni, canali o piani di messa a fuoco differenti.
4. Scegliere se aprire l’immagine a piena risoluzione o una serie a risoluzione inferiore. Per i vetrini molto grandi, utilizzare una regione di interesse o una serie a risoluzione ridotta invece di caricare l’intero vetrino in memoria.
5. Salvare l’immagine selezionata con File → Save As → TIFF. Se l’immagine supera 4 GB, abilitare BigTIFF quando la versione disponibile di Fiji/ImageJ offre questa opzione, oppure esportare regioni più piccole.

Utilizzo della riga di comando di Bio-Formats

Bio-Formats include bfconvert, che può leggere molti dataset VSI e scrivere l’output in TIFF:

bfconvert input.vsi output.tif

Quando il VSI contiene più serie, esaminare prima il dataset con Bio-Formats o Fiji, quindi convertire separatamente la serie richiesta. Utilizzare un’opzione di output BigTIFF supportata dalla versione installata di Bio-Formats quando l’output previsto supera 4 GB. Conservare il dataset VSI originale, perché la conversione potrebbe appiattire le dimensioni o eliminare i metadati specifici del produttore.

Utilizzo del convertitore online

È possibile convertire il file gratuitamente su 101convert.com senza installare software. Caricare il file VSI, scegliere TIFF come formato di output, avviare la conversione e scaricare il risultato. Se il VSI fa riferimento a dati complementari, mantenere disponibili tali file e utilizzare Bio-Formats desktop se il convertitore nel browser non è in grado di ricostruire il vetrino completo.

Qualità, compatibilità e limitazioni

• Scegliere una compressione TIFF senza perdita, come LZW o Deflate, quando è importante preservare i valori dei pixel. La compressione JPEG può introdurre artefatti ed è inadatta alla microscopia quantitativa.
• Controllare il tipo di pixel esportato. Un VSI in scala di grigi a 16 bit o multicanale non deve essere convertito involontariamente a 8 bit, poiché ciò riduce la precisione dell’intensità.
• Verificare la scala fisica dopo l’esportazione. I metadati relativi alle dimensioni dei pixel potrebbero non essere conservati in un TIFF appiattito; pertanto, se sono necessarie misurazioni, conservare separatamente le informazioni sull’ingrandimento originale e sui micrometri per pixel.
• Un VSI multicanale o z-stack può essere esportato come serie TIFF, pagine o file separati, a seconda delle impostazioni Bio-Formats selezionate. Verificare che siano presenti tutti i canali e i piani richiesti.
• I TIFF di interi vetrini di grandi dimensioni possono superare i limiti delle applicazioni o dei file system. Esportare una regione definita, selezionare una serie a risoluzione inferiore o utilizzare BigTIFF evita gli errori causati dalla memoria o dal limite dimensionale del TIFF classico.