Convertitore online gratuito da IMS a OME.TIFF

I software di microscopia e le piattaforme di analisi delle immagini possono richiedere OME-TIFF invece del container IMS nativo per l'interoperabilità, l'archiviazione o l'elaborazione successiva in Fiji e in altri strumenti compatibili con OME. La conversione preserva i piani immagine e i metadati supportati, rendendo al contempo il dataset più facile da scambiare.

Cos'è il formato IMS

IMS è il formato nativo per dataset di microscopia multidimensionali utilizzato da Imaris di Bitplane, ora parte di Oxford Instruments. In genere è un container basato su HDF5 per piani immagine, canali, stack Z, punti temporali, livelli di risoluzione multipli e metadati di acquisizione selezionati.

I file IMS vengono creati da Imaris e possono essere prodotti da flussi di lavoro di acquisizione o analisi microscopica che coinvolgono sistemi di imaging confocale, light-sheet, a fluorescenza e altri sistemi di imaging 3D. Un file IMS può contenere anche oggetti specifici di Imaris, come superfici, punti, traiettorie e informazioni sulla scena o sul rendering.

Cos'è il formato OME.TIFF

OME-TIFF è un formato per microscopia basato su TIFF i cui metadati OME-XML descrivono dimensioni come canale, Z, tempo, dimensione dei pixel e unità fisiche. Fiji/ImageJ, Bio-Formats, napari, OMERO e molte applicazioni scientifiche di analisi delle immagini possono leggerlo.

OME-TIFF è utile quando un dataset deve essere trasferito tra programmi di microscopia senza dipendere da Imaris. Supporta dati multidimensionali, compressione senza perdita come LZW, archiviazione a tasselli e BigTIFF per file più grandi del limite di dimensione del TIFF classico.

Come convertire IMS in OME.TIFF

Utilizzo di Bio-Formats dalla riga di comando

1. Installare gli strumenti da riga di comando di Bio-Formats oppure utilizzare l'installazione di Bio-Formats inclusa in Fiji.
2. Eseguire bfconvert -compression LZW input.ims output.ome.tiff. LZW mantiene invariati i valori dei pixel riducendo al contempo le dimensioni del file.
3. Per un dataset molto grande, utilizzare BigTIFF e la suddivisione in tasselli: bfconvert -bigtiff -tilex 512 -tiley 512 -compression LZW input.ims output.ome.tiff.
4. Se l'IMS contiene diverse serie di immagini, esaminare prima le serie disponibili ed esportare quella richiesta con un'opzione per la serie come bfconvert -series 0 input.ims output.ome.tiff. Esportare separatamente le serie aggiuntive quando un singolo file di output non le rappresenterebbe correttamente.

Utilizzo di Fiji

1. Aprire Fiji e scegliere File → Open, quindi selezionare il file IMS. Bio-Formats dovrebbe aprirlo tramite Bio-Formats Importer.
2. Controllare le impostazioni relative a serie, canale, Z e punti temporali nell'importer. Evitare di selezionare un singolo piano se è richiesto lo stack completo.
3. Utilizzare Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Exporter, scegliere OME-TIFF, selezionare LZW o un'altra opzione senza perdita e salvare il risultato con un nome file .ome.tiff.
4. Riaprire l'output con Bio-Formats e verificarne dimensioni, ordine dei canali, tipo di pixel e scala fisica.

Utilizzo del convertitore online

È possibile convertire gratuitamente il file su 101convert.com senza installare software. Il caricamento non è adatto a dati di microscopia riservati o soggetti a normative, a meno che i requisiti applicabili in materia di privacy e conservazione lo consentano; per dataset di grandi dimensioni, Bio-Formats è generalmente più pratico.

Qualità, compatibilità e limitazioni

Bio-Formats trasferisce i pixel delle immagini e i metadati che hanno equivalenti in OME-TIFF, ma non riproduce layout delle scene di Imaris, impostazioni di rendering volumetrico, superfici, punti, traiettorie, annotazioni o altri oggetti di analisi come funzionalità native di OME-TIFF. Conservare il file IMS originale quando tali oggetti potrebbero essere necessari in seguito.

Utilizzare un output LZW o non compresso per l'imaging quantitativo. La compressione JPEG può alterare i valori di intensità ed è inadatta alle misurazioni. Dataset 3D di grandi dimensioni acquisiti nel tempo o ad alta risoluzione possono richiedere BigTIFF, e alcune applicazioni non sono in grado di leggere BigTIFF o ogni layout OME-TIFF multidimensionale.

Controllare nel file convertito i nomi dei canali, l'ordine dei canali, la spaziatura Z, l'intervallo temporale, le dimensioni dei pixel, la profondità di bit e le unità fisiche. Varianti IMS proprietarie o danneggiate potrebbero non funzionare nelle versioni meno recenti di Bio-Formats; l'aggiornamento di Bio-Formats o Fiji può risolvere i problemi di compatibilità del reader.