Convertitore online gratuito da CZI a OME.TIFF

Cos'è il formato CZI

CZI è il container Zeiss Carl Zeiss Image utilizzato da ZEISS ZEN e dai relativi sistemi di microscopia. Può memorizzare acquisizioni multi-canale, z-stack, time-lapse, con piastrelle, con stitching e ad alta profondità di bit, insieme a metadata di calibrazione, obiettivo, canale e acquisizione. In genere lo si incontra dopo aver raccolto dati su microscopi ZEISS o aver ricevuto dataset da un laboratorio che utilizza ZEN.

Cos'è il formato OME-TIFF

OME-TIFF è un'immagine TIFF accompagnata da metadata OME-XML che descrivono dimensioni quali X, Y, Z, canali, punti temporali e serie di immagini. È progettato per l'interoperabilità con Fiji, Bio-Formats, OMERO, napari, QuPath e altri software di imaging scientifico.

OME-TIFF è utile quando un'applicazione non riesce ad aprire CZI, quando i metadata devono seguire una specifica open o quando una pipeline di analisi richiede input TIFF. Può conservare dati multipagina e multidimensionali in modo più affidabile rispetto all'esportazione di singole schermate di visualizzazione, sebbene i metadata conservati dipendano dal reader e dal writer.

Come convertire CZI in OME-TIFF

Utilizzo di Fiji e Bio-Formats

1. Installare Fiji, che include l'importer e l'exporter Bio-Formats.
2. Aprire l'origine con File → Open e selezionare il file .czi.
3. Nella finestra di dialogo Bio-Formats Import Options, mantenere la struttura multidimensionale originale quando necessario. Abilitare View stack with ImageJ oppure aprire come hyperstack; evitare la conversione in un singolo piano a 8 bit se la profondità di bit originale è importante.
4. Utilizzare Plugins → Bio-Formats → Bio-Formats Exporter.
5. Selezionare OME-TIFF come formato di output, scegliere la serie richiesta, impostare una compressione lossless come LZW, se disponibile, e salvare con un nome come sample.ome.tiff.
6. Riaprire il risultato in Fiji e controllare il numero di canali, le sezioni Z, i punti temporali, il tipo di pixel e le dimensioni fisiche dei pixel prima di utilizzarlo per l'analisi.

Utilizzo della riga di comando Bio-Formats

L'utility da riga di comando Bio-Formats bfconvert è adatta alle conversioni ripetibili e all'elaborazione batch. Una conversione di base è:

bfconvert input.czi output.ome.tiff

Per convertire solo la prima serie di immagini e utilizzare la compressione lossless LZW, usare:

bfconvert -series 0 -compression LZW input.czi output.ome.tiff

Racchiudere tra virgolette i percorsi che contengono spazi. Per i file contenenti diverse serie, esaminare ogni serie e convertire quelle richieste invece di presumere che la prima serie contenga l'esperimento completo. Le opzioni esatte della riga di comando dipendono dalla versione di Bio-Formats installata; eseguire bfconvert -help per visualizzarle.

Utilizzo di 101convert.com

È inoltre possibile convertire il file su 101convert.com gratuitamente, senza installare software. Questa opzione è comoda per un singolo file, ma verificare le dimensioni dell'output, i metadata e la dimensione del file dopo il download, soprattutto per dataset di microscopia di grandi dimensioni o file contenenti dati di ricerca sensibili.

Qualità, compatibilità e limitazioni

Scegliere una compressione lossless come LZW o un output non compresso quando i valori dei pixel devono rimanere invariati. La compressione JPEG può alterare le misurazioni quantitative e non deve essere utilizzata per dati di microscopia analitica.

Un CZI può contenere dettagli proprietari dell'acquisizione, posizioni dello stage, impostazioni dello strumento, annotazioni, miniature, allegati o diverse serie correlate. OME-TIFF normalmente conserva i piani immagine e i metadata OME standard, ma potrebbe non conservare tutti i campi specifici di Zeiss. Conservare il CZI originale come master d'archivio.

I dataset di grandi dimensioni possono superare i limiti del TIFF classico o creare file di output molto grandi. Utilizzare una versione di Bio-Formats compatibile con BigTIFF quando l'output supera 4 GB e verificare che l'applicazione ricevente supporti BigTIFF e il layout OME-TIFF selezionato. Non appiattire i canali, le sezioni Z o i punti temporali, a meno che il programma di destinazione non richieda un'immagine bidimensionale.