Convertitore online gratuito da SVS a OME.TIFF

I file SVS provenienti dagli scanner whole-slide Aperio potrebbero non aprirsi nei software che prevedono il modello dati OME. La conversione in OME-TIFF rende il vetrino più facile da elaborare in Fiji, QuPath, OMERO e altri sistemi di microscopia, mantenendo i dati immagine suddivisi in tile e a multirisoluzione quando supportato.

Cos'è il formato SVS

SVS è la variante di Aperio del formato TIFF suddiviso in tile e con struttura piramidale, utilizzato per i vetrini di patologia digitale. Gli scanner Aperio e Leica Biosystems creano file SVS contenenti un'immagine del tessuto ad alta risoluzione più livelli piramidali a risoluzione ridotta; un file può contenere anche immagini di etichette, macro, miniature o altre immagini associate come serie TIFF separate.

È comune incontrare file SVS provenienti dai sistemi Aperio ScanScope, dagli scanner Leica eSlide, da Aperio ImageScope e dai sistemi di archiviazione patologica. Sebbene SVS sia basato su TIFF, i relativi metadati specifici del produttore e l'organizzazione delle immagini non vengono gestiti in modo coerente dalle applicazioni TIFF generiche.

Cos'è il formato OME-TIFF

OME-TIFF memorizza i dati immagine TIFF insieme ai metadati OME-XML che descrivono dimensioni, canali, dimensioni fisiche dei pixel, piani e altre informazioni correlate all'immagine. È progettato per l'interoperabilità con applicazioni compatibili con Bio-Formats come Fiji, QuPath, OMERO e numerose pipeline di analisi microscopica.

Per l'imaging whole-slide, un file OME-TIFF può contenere livelli piramidali suddivisi in tile, consentendo al software di visualizzare un vetrino di grandi dimensioni senza caricare in memoria il piano alla massima risoluzione. OME-TIFF è utile quando un'applicazione di patologia o microscopia riconosce i metadati OME, ma non interpreta in modo affidabile i metadati SVS specifici di Aperio.

Come convertire SVS in OME-TIFF

Utilizzo degli strumenti da riga di comando di Bio-Formats

bfconvert di Bio-Formats è l'opzione generica più diretta, perché legge SVS tramite il reader Bio-Formats e scrive OME-TIFF. Installa il pacchetto degli strumenti Bio-Formats, quindi esegui:

bfconvert -overwrite -compression LZW input.svs output.ome.tiff

Sostituisci input.svs con il nome del file sorgente e output.ome.tiff con il nome del file di destinazione. LZW è senza perdita ed evita l'aggiunta di artefatti JPEG. Per un output suddiviso in tile e a multirisoluzione, usa le opzioni per la struttura piramidale supportate dalla versione di Bio-Formats installata:

bfconvert -overwrite -compression LZW -tilex 256 -tiley 256 -pyramid-resolutions 5 -pyramid-scale 2 input.svs output.ome.tiff

-tilex e -tiley impostano le dimensioni dei tile. -pyramid-resolutions 5 richiede cinque livelli di risoluzione, mentre -pyramid-scale 2 imposta ciascun livello alla metà della larghezza e dell'altezza del livello precedente. Esegui bfconvert -help per confermare i nomi delle opzioni, poiché le versioni di Bio-Formats possono differire.

Utilizzo di Fiji

In Fiji, installa o aggiorna Bio-Formats, apri il file tramite File → Open, seleziona il file SVS e consenti a Bio-Formats Importer di aprire la serie. Per i vetrini molto grandi, scegli la serie desiderata alla massima risoluzione anziché la serie dell'etichetta o quella macro. Esporta tramite il comando di esportazione Bio-Formats o TIFF disponibile nella tua installazione di Fiji, seleziona OME-TIFF se disponibile e abilita l'output suddiviso in tile o con struttura piramidale quando l'esportatore offre tali opzioni.

Fiji potrebbe richiedere una quantità considerevole di memoria durante l'apertura o l'esportazione di un vetrino intero. La conversione da riga di comando tramite Bio-Formats è generalmente preferibile per i file SVS molto grandi, perché evita di caricare l'immagine completa nella visualizzazione di Fiji.

Conversione senza software installato

Puoi convertire gratuitamente il file su 101convert.com senza installare software. Carica il file SVS, scegli OME.TIFF come formato di output, avvia la conversione e scarica il risultato. Non utilizzare questo metodo per i vetrini contenenti informazioni che identificano i pazienti, a meno che il servizio e i relativi termini di gestione dei dati non soddisfino i requisiti della tua organizzazione.

Qualità, compatibilità e limitazioni

• La conversione non può ripristinare i dettagli persi nella compressione SVS originale. Se la sorgente utilizza tile compressi con JPEG, l'esportazione con LZW impedisce un'ulteriore compressione con perdita, ma non rende la sorgente senza perdita.
• I metadati SVS non corrispondono perfettamente a OME-XML. I campi specifici dello scanner, le annotazioni, le informazioni sulla messa a fuoco, le immagini macro e i tag proprietari potrebbero essere omessi o rappresentati in modo diverso.
• Verifica che l'output contenga l'immagine del tessuto, i livelli piramidali e le eventuali serie di etichette o macro necessarie. Alcune applicazioni selezionano automaticamente la prima serie e potrebbero visualizzare un'immagine associata anziché il vetrino principale.
• I file OME-TIFF possono essere molto grandi. Assicurati che il filesystem di destinazione supporti file di grandi dimensioni e disponga di spazio libero per l'immagine alla massima risoluzione oltre ai livelli piramidali; per gli output che superano il limite dimensionale del TIFF classico potrebbe essere necessario BigTIFF.
• Verifica il risultato nell'applicazione che lo utilizzerà. Controlla le dimensioni in pixel, la risoluzione fisica, il numero di canali, l'orientamento del vetrino, la navigazione tra i livelli piramidali e tutte le annotazioni necessarie prima di eliminare l'originale SVS.