Converti SDF in XLS

I laboratori hanno spesso bisogno di record di composti in .xls perché un LIMS legacy, un modello di report o un cliente accetta solo cartelle di lavoro Excel 97–2003. Il risultato utile è generalmente un foglio di calcolo contenente proprietà e identificatori SDF, non un sostituto modificabile dal punto di vista chimico del file di origine.

Contenuto possibile di un file SDF

.sdf è ambiguo. Nella maggior parte dei casi indica Structure Data File, un formato chimico basato su MDL Molfile utilizzato da chimici, fornitori di composti, database di screening, ChemDraw, software BIOVIA, strumenti ChemAxon, DataWarrior, Open Babel e workflow RDKit.

Un SDF chimico è testo semplice contenente uno o più record di molecole. Ogni record può contenere una tabella di connessioni molecolari, coordinate, un titolo e tag SD denominati, come CAS_NUMBER, IC50 o Supplier; i record terminano normalmente con $$$$. I blocchi delle molecole possono utilizzare la sintassi V2000 o V3000.

Un file .sdf può invece essere un database binario Microsoft SQL Server Compact. SQL Server Compact non è SQL Server e il relativo file di database deve essere interrogato ed esportato con software compatibile con SQL Server Compact, anziché essere aperto con strumenti per formati chimici.

Caratteristiche del formato XLS

.xls è il formato binario delle cartelle di lavoro Excel 97–2003. A differenza di CSV, può conservare fogli di lavoro, formule di base, formattazione delle celle e più tabelle, risultando utile quando il destinatario richiede una cartella di lavoro Excel meno recente.

Utilizzare XLS solo quando richiesto. È limitato a 65.536 righe e 256 colonne per foglio di lavoro. .xlsx supporta fogli di lavoro molto più grandi ed è l'impostazione predefinita migliore per i sistemi compatibili con Excel attuali.

Conversione di un file SDF chimico

1. Aprire l'SDF in un'applicazione desktop in grado di gestire la chimica, come DataWarrior. Utilizzare File → Open, quindi verificare che l'applicazione riconosca i record delle molecole e renda disponibili i tag SD come colonne di dati.
2. Controllare i nomi dei campi, i valori mancanti, le unità e i valori dei tag multilinea. Conservare un identificatore della struttura e, quando il destinatario necessita di strutture leggibili dalle macchine, aggiungere una colonna SMILES o InChI prima dell'esportazione.
3. Esportare la tabella come testo delimitato da tabulazioni o CSV utilizzando File → Save As o il comando di esportazione di DataWarrior. Non affidarsi a un convertitore di documenti generico per interpretare i record molecolari e i tag SD.
4. Aprire il file di testo in Microsoft Excel o LibreOffice Calc. Nella finestra di dialogo per l'importazione, selezionare il delimitatore corretto e impostare esplicitamente i numeri CAS, i numeri di catalogo, i codici con zeri iniziali e gli identificatori numerici lunghi come Text.
5. Utilizzare File → Save As e selezionare Excel 97–2003 (.xls). Controllare l'avviso di compatibilità, le dimensioni del foglio di lavoro e un campione dei valori importati prima di distribuire la cartella di lavoro.

Per un'elaborazione ripetibile, utilizzare RDKit o un altro toolkit chimico per estrarre i tag SD selezionati e generare un CSV con una colonna SMILES, quindi convertire il CSV in Excel o LibreOffice. Anche Open Babel può esaminare e trasformare file SDF, ma è necessario convalidare le colonne generate rispetto all'origine, poiché le proprietà e i descrittori disponibili dipendono dal formato e dalle opzioni selezionati.

Per file CSV non riservati e già organizzati in forma tabellare, CloudConvert può essere utilizzato per creare una cartella di lavoro XLS dopo l'estrazione locale dall'SDF. Non deve essere considerato un parser SDF in grado di gestire la chimica, e strutture proprietarie, dati di test e dati dei fornitori non devono essere caricati a meno che l'organizzazione non autorizzi tale trasferimento.

Esportazione di un database SDF SQL Server Compact

Aprire un database SDF con SQL Server Compact Toolbox o un altro strumento che utilizzi un provider SQL Server Compact compatibile. Fornire la password del database se il file è crittografato, eseguire una query per le tabelle e le colonne richieste ed esportare il risultato come CSV. Importare il CSV in Excel o LibreOffice Calc e salvarlo come .xls.

SQL Server Compact è un prodotto Microsoft ritirato, quindi un'applicazione di database attuale potrebbe non aprire il file senza il provider legacy appropriato. Un database SDF non può essere convertito correttamente da DataWarrior, RDKit o Open Babel.

Controlli di compatibilità

XLS non memorizza nativamente una tabella di connessioni SDF modificabile. Conservare l'SDF originale per lo scambio chimico e l'archiviazione; inserire SMILES, InChI o il testo molfile nelle celle del foglio di calcolo solo quando il software a valle necessita di una struttura leggibile dalle macchine. Le immagini delle strutture renderizzate sono adatte alla revisione, ma non costituiscono dati chimici.

Excel può modificare automaticamente i valori che assomigliano a date o alla notazione scientifica. Le impostazioni di importazione del testo evitano perdite come la trasformazione di 001234 in 1234 e l'arrotondamento degli identificatori numerici lunghi. Controllare inoltre i tag SD multilinea e il testo che supera il limite di 32.767 caratteri per cella di Excel, che potrebbe richiedere il troncamento, la suddivisione o la conservazione nell'SDF originale.