Convertitore online gratuito da NBIB a CSV

PubMed e altri servizi NCBI esportano i record delle citazioni come NBIB, mentre fogli di calcolo, database e strumenti di analisi richiedono comunemente CSV. La conversione del file facilita l'ordinamento, il filtraggio, la modifica e l'importazione delle citazioni senza dover copiare manualmente i campi.

Che cos'è il formato NBIB

NBIB è un formato bibliografico in testo semplice basato sui record MEDLINE contrassegnati. Gli utenti di PubMed e i ricercatori in medicina, scienze biologiche e altri ambiti accademici lo usano per scambiare riferimenti con i software di gestione delle citazioni. Un record contiene tag come PMID- per l'identificatore PubMed, TI - per il titolo, AU - per un autore, DP - per la data di pubblicazione e AB - per l'abstract.

PubMed crea file .nbib tramite Send to → Citation manager. Il formato supporta tag ripetuti e righe di continuazione, quindi una citazione può contenere più autori, termini MeSH, identificatori dell'articolo e righe di testo dell'abstract. Un editor di testo può visualizzare un file NBIB, ma la sua struttura contrassegnata e multilinea è poco pratica per la modifica tabulare.

Che cos'è il formato CSV

CSV è un formato di testo delimitato in cui ogni riga rappresenta un record e ogni colonna rappresenta un campo. Un CSV di citazioni può contenere colonne per PMID, titolo, autori, rivista, data di pubblicazione, abstract, DOI e tipo di pubblicazione.

CSV è supportato da Microsoft Excel, LibreOffice Calc, Google Sheets, database e librerie di programmazione. È utile per il filtraggio, la deduplicazione, la creazione di report e l'importazione di citazioni in sistemi che non leggono NBIB. CSV non ha uno schema fisso: il convertitore deve decidere quali tag NBIB diventano colonne e i programmi per fogli di calcolo possono usare un delimitatore punto e virgola in alcune impostazioni regionali.

Convertire NBIB in CSV online

Puoi convertire il file su 101convert.com gratuitamente e senza installare software. Carica il file .nbib, scegli CSV come formato di output, avvia la conversione e scarica il file .csv risultante. Apri il risultato e controlla i nomi delle colonne e diversi record prima di utilizzarlo per l'analisi.

Non caricare dati bibliografici non pubblicati o riservati su un servizio online, a meno che le relative politiche di gestione e cancellazione non siano accettabili. Per un'elaborazione privata o ripetibile, usa invece uno script locale.

Convertire NBIB in CSV con Python

Biopython può analizzare i tag NBIB/MEDLINE, mentre il modulo standard csv di Python gestisce correttamente virgole, virgolette e interruzioni di riga.

1. Installa Biopython con python -m pip install biopython.
2. Salva il codice seguente come nbib_to_csv.py.
3. Esegui python nbib_to_csv.py input.nbib output.csv.

import csv
import sys
from Bio import Medline

fields = [
    ("PMID", "PMID"),
    ("Title", "TI"),
    ("Authors", "AU"),
    ("Journal", "JT"),
    ("Publication date", "DP"),
    ("Abstract", "AB"),
    ("DOI", "LID"),
    ("Article ID", "AID"),
    ("Publication types", "PT"),
    ("MeSH terms", "MH"),
]

def value(record, tag):
    item = record.get(tag, "")
    if isinstance(item, list):
        return "; ".join(str(x) for x in item)
    return str(item)

with open(sys.argv[1], encoding="utf-8") as source, open(
    sys.argv[2], "w", newline="", encoding="utf-8-sig"
) as target:
    writer = csv.writer(target)
    writer.writerow([name for name, tag in fields])
    for record in Medline.parse(source):
        writer.writerow([value(record, tag) for name, tag in fields])

La codifica utf-8-sig aiuta le versioni meno recenti di Excel a riconoscere i caratteri non ASCII. Aggiungi campi come TA per l'abbreviazione della rivista, FAU per i nomi completi degli autori o PMC per un identificatore del repository quando tali tag sono presenti nella fonte.

Controlli di qualità e compatibilità

I record NBIB non contengono tutti gli stessi tag. I tag mancanti diventano celle CSV vuote e i tag ripetuti devono essere combinati anziché ridotti al primo valore. Lo script unisce autori, termini MeSH e identificatori ripetuti con punti e virgola; le virgolette CSV preservano virgole, virgolette e interruzioni di riga negli abstract e nei titoli.

Un DOI può essere memorizzato in LID con un suffisso come [doi], quindi rimuovi tale suffisso solo se il sistema di destinazione richiede un DOI privo di elementi aggiuntivi. Controlla PMID, DOI, autore, data, abstract e numero di righe dopo la conversione. CSV non conserva intrinsecamente i tag NBIB, l'ordine dei campi, la struttura dei campi ripetuti o le distinzioni tra diversi tipi di identificatori, a meno che l'esportazione non definisca colonne separate per essi.