Converti NBIB in BIB

PubMed esporta i riferimenti selezionati come .nbib, mentre LaTeX, Overleaf e molti gestori di riferimenti utilizzano database BibTeX .bib. La conversione rende i record modificabili e utilizzabili con BibTeX o con i flussi di citazione biblatex.

Cos'è il formato NBIB

NBIB è il formato di citazione con campi etichettati di PubMed, chiamato anche formato di testo MEDLINE o PubMed. È un formato di record in testo semplice con campi identificati, come PMID-, TI -, AU -, JT -, DP -, VI -, IP -, PG - e LID - per identificatori come i DOI.

PubMed crea un file NBIB dopo aver selezionato i record e scelto Send to → Citation manager → Create file. Gli utenti di NCBI, le biblioteche e applicazioni come Zotero ed EndNote utilizzano questo formato per scambiare metadati bibliografici. Un file NBIB può essere aperto come testo semplice, ma le sue righe etichettate non sono direttamente valide per BibTeX.

Cos'è il formato BIB

Un file .bib è generalmente un database BibTeX o BibLaTeX contenente voci come @article{smith2024, ...}. BibTeX, BibLaTeX con Biber, JabRef, Zotero, Overleaf e molti editor LaTeX possono leggerlo.

BibTeX memorizza campi strutturati, tra cui autori, titolo, rivista, anno, volume, pagine, DOI, URL, abstract e una chiave di citazione. Il formato in testo semplice è ricercabile, modificabile, portabile e separato dal documento che lo cita. La conversione può preservare i metadati, ma non può aggiungere l'articolo completo o un allegato mancanti.

Convertire con Zotero

1. Installa Zotero per Windows, macOS o Linux dal sito web ufficiale di Zotero.
2. Apri File → Import, seleziona il file NBIB e scegli l'opzione di importazione MEDLINE o PubMed se Zotero richiede un formato. Usa All files nel selettore di file se .nbib è nascosto.
3. Controlla i record importati, in particolare i nomi degli autori, i titoli, le date di pubblicazione, gli intervalli di pagine, i PMID e i DOI.
4. Seleziona gli elementi o la raccolta desiderati, quindi scegli File → Export Library oppure fai clic con il pulsante destro del mouse sulla selezione e scegli Export Items.
5. Scegli BibTeX o BibLaTeX, seleziona le eventuali opzioni relative a note o file richieste dal flusso di lavoro e salva l'esportazione con un'estensione .bib.

Zotero è generalmente il metodo locale più semplice perché analizza i campi PubMed etichettati prima di esportarli. Per i metadati mancanti, usa Add Item by Identifier di Zotero con il PMID o il DOI, quindi confronta il record sostitutivo con la fonte PubMed prima dell'esportazione. L'estensione Better BibTeX aggiunge chiavi di citazione configurabili e ripetibili ed esportazione automatica, ma è facoltativa.

Usare Bibutils per la conversione in batch

Bibutils è adatto alla conversione locale tramite script o su larga scala. Le sue fasi MEDLINE-to-XML e XML-to-BibTeX possono essere utilizzate in una pipeline:

med2xml references.nbib | xml2bib > references.bib

Installa Bibutils tramite il gestore dei pacchetti del sistema operativo o dalla sua distribuzione ufficiale. Controlla med2xml --help se la build installata richiede argomenti espliciti per input e output. Bibutils potrebbe mappare un numero inferiore di campi specifici di PubMed rispetto a Zotero, quindi controlla le voci generate prima di utilizzarle.

Opzioni online per raccolte piccole e non sensibili

Per un piccolo elenco di riferimenti, ZoteroBib o lo strumento web PMID-to-BibTeX di Paperpile possono cercare i PMID e produrre BibTeX senza richiedere un'applicazione locale. Questi servizi generalmente accettano PMID o identificatori anziché convertire un file NBIB caricato; incolla gli identificatori, esporta BibTeX e verifica i risultati. Non caricare bibliografie private, non pubblicate o riservate quando è possibile effettuare una conversione locale.

Controllare i record esportati

• Alcuni record NBIB omettono il DOI, il fascicolo, le pagine, l'abstract o i campi completi relativi alla data di pubblicazione. Una ricerca tramite DOI o PMID può colmare le lacune, ma i metadati recuperati devono comunque essere confrontati con il record di origine.
• La formattazione degli autori di PubMed può produrre autori personali o istituzionali errati dopo la conversione. Inserisci un autore istituzionale tra parentesi graffe aggiuntive, ad esempio author = {{World Health Organization}}, e controlla cognome, iniziali e ordine degli autori.
• Proteggi la capitalizzazione che deve rimanere invariata, come simboli genetici, acronimi e nomi propri, con le parentesi graffe di BibTeX: title = {Effects of {DNA} repair}.
• I caratteri Unicode, i trattini medi, i sottotitoli, i nomi accentati e i caratteri degli alfabeti non latini possono richiedere il supporto UTF-8 nel motore LaTeX, nel processore bibliografico e nell'editor. Usa pdflatex con le impostazioni di codifica appropriate oppure un motore Unicode come XeLaTeX o LuaLaTeX.
• Esportatori diversi generano chiavi di citazione diverse. La modifica di una chiave dopo aver inserito le citazioni può interrompere i riferimenti nei file LaTeX esistenti; usa chiavi stabili prima di scrivere le citazioni.
• Quando possibile, conserva il PMID o il DOI nella voce esportata. Questi identificatori forniscono un modo affidabile per individuare e correggere in seguito un record.