Converti NBIB in BIBTEX

Gli editor LaTeX, i progetti Overleaf e alcuni flussi di lavoro per l’invio a riviste richiedono un database BibTeX invece del file .nbib scaricato da PubMed. La conversione dei record crea un file .bib modificabile per le citazioni, conservando i metadati della pubblicazione disponibili.

Che cos’è il formato NBIB

NBIB è il formato di citazione con tag di PubMed, basato sulla struttura dei record MEDLINE. PubMed lo crea tramite Save → Citation manager; i file usano comunemente l’estensione .nbib e contengono tag per PMID, autori, titolo, rivista, data di pubblicazione, volume, numero, pagine, DOI e altri dati del record.

I reference manager usano principalmente NBIB per importare i risultati di PubMed. È testo semplice, ma i suoi tag dei campi e la struttura dei record non sono utilizzabili direttamente come database BibTeX.

Che cos’è il formato BibTeX

BibTeX memorizza i riferimenti come voci quali @article{key, ...} in un file .bib di testo semplice. LaTeX, Overleaf, JabRef e molti reference manager usano queste voci per generare citazioni e bibliografie.

I tipi di voce comuni includono @article, @book e @inproceedings. Ogni voce ha una chiave di citazione utilizzata da comandi come \cite{key}. Un file BibTeX è portatile e modificabile, ma il risultato della conversione dipende dai metadati presenti nei record NBIB.

Convertire con Zotero

1. Installare Zotero dal sito ufficiale di Zotero e aprirlo.
2. Scegliere File → Import, selezionare l’opzione per importare un file e aprire il file .nbib. Se Zotero richiede un formato, selezionare l’importer PubMed o MEDLINE.
3. Controllare gli elementi importati, inclusi nomi degli autori, titoli, date, intervalli di pagine, titoli delle riviste e valori DOI.
4. Selezionare gli elementi o la raccolta, quindi scegliere File → Export Library oppure fare clic con il pulsante destro del mouse sulla selezione e scegliere Export Items.
5. Selezionare BibTeX, impostare un nome di file che termini in .bib e salvare l’esportazione.

Zotero è adatto alle conversioni occasionali perché consente di correggere i record prima dell’esportazione. L’estensione Better BibTeX for Zotero aggiunge una generazione configurabile delle chiavi di citazione ed è utile per le librerie che verranno esportate ripetutamente; è un’estensione di terze parti, non inclusa nell’installazione principale di Zotero.

Convertire con Bibutils

Bibutils è adatto all’elaborazione ripetibile dalla riga di comando o in batch. La sua utility med2xml legge i record con tag in stile MEDLINE, mentre xml2bib converte il MODS XML intermedio in BibTeX.

Eseguire:

med2xml input.nbib > intermediate.xml
xml2bib intermediate.xml > output.bib

Questi comandi funzionano nelle shell di macOS e Linux e in Windows PowerShell quando Bibutils è installato e i suoi eseguibili si trovano nel system path. In caso contrario, specificare i percorsi completi degli eseguibili. Aprire output.bib in JabRef, Zotero o in un editor di testo e controllare i record prima di citarli.

Usare un servizio online

Il convertitore online da PMID a BibTeX di Paperpile è utile quando i record sono identificati da ID PubMed, anziché quando è necessario convertire in batch un file NBIB locale. Copiare i PMID dai record NBIB nel convertitore, generare le voci BibTeX e salvare il risultato come .bib. Verificare i metadati restituiti, perché il servizio recupera i record correnti e potrebbe produrre campi diversi da quelli del download NBIB originale.

I servizi online dovrebbero essere limitati ai riferimenti non riservati. Le loro politiche relative al caricamento, alla conservazione e alla mappatura dei campi variano; usare Zotero o Bibutils per record non pubblicati, soggetti a restrizioni o sensibili dal punto di vista della privacy.

Controllare il database convertito

• Dati mancanti: i record NBIB potrebbero omettere abstract, intervalli di pagine completi, informazioni sul numero, identificativi ORCID o valori DOI. La conversione non può ricostruire i campi assenti nella fonte.
• Nomi degli autori: PubMed fornisce comunemente le iniziali anziché i nomi completi. Controllare suffissi, particelle e autori organizzativi, che potrebbero essere interpretati erroneamente dagli importer.
• Chiavi di citazione: cercare chiavi duplicate, soprattutto tra articoli con lo stesso primo autore e lo stesso anno di pubblicazione. Rigenerare o modificare le chiavi prima di compilare il documento.
• Maiuscole e minuscole: proteggere con parentesi graffe i nomi, gli acronimi, i simboli dei geni e le formule chimiche sensibili alla distinzione tra maiuscole e minuscole, ad esempio title = {Effects of {DNA} repair}.
• Caratteri speciali: compilare un documento di prova dopo l’esportazione. I caratteri accentati, le e commerciali, i simboli di percentuale, gli underscore e altri caratteri sensibili a LaTeX potrebbero richiedere l’escape o una configurazione UTF-8 appropriata.
• Tipi di voce: i tipi di pubblicazione di PubMed non corrispondono sempre perfettamente ai tipi BibTeX. Esaminare recensioni, editoriali, lettere, linee guida e materiale per conferenze invece di presumere che ogni record debba essere @article.