Convertitore online gratuito da PDB a TXT

Un programma, un editor o un flusso di lavoro di archiviazione può richiedere un file leggibile .txt invece di un file .pdb. Il metodo di conversione corretto dipende dal fatto che il PDB contenga record molecolari, record di database Palm OS o un e-book.

Cos'è il formato PDB

.pdb è un'estensione ambigua utilizzata da diversi formati non correlati:

• I file Protein Data Bank sono file di testo contenenti coordinate atomiche, residui, modelli e altri record molecolari. Vengono utilizzati da ricercatori, applicazioni di visualizzazione molecolare, programmi di chimica e software di dinamica molecolare.
• I file Palm Database contengono record e metadati per le applicazioni Palm OS. Sono solitamente binari e possono utilizzare strutture o compressioni specifiche dell'applicazione.
• Le varianti PDB per e-book PalmDOC, zTXT e altre memorizzano il contenuto dei libri in formati progettati per i lettori Palm legacy. Le loro strutture interne differiscono sia dai file PDB scientifici sia dai normali database Palm.

Identifica l'origine prima della conversione. Rinominare file.pdb in file.txt modifica solo l'estensione; non decodifica i record binari, non decomprime il contenuto e non corregge la codifica dei caratteri.

Cos'è il formato TXT

.txt è un formato di testo normale privo di contenitore che memorizza caratteri e interruzioni di riga senza formattazione specifica dell'applicazione. Si apre in Notepad, negli editor di codice, negli script, nei programmi per fogli di calcolo e negli strumenti di controllo versione.

TXT può contenere il testo originale di un file PDB molecolare, il testo estratto di un e-book o una tabella di record generata ex novo. Non conserva intrinsecamente legami molecolari, indici fissi del database, immagini, collegamenti ipertestuali, segnalibri, compressione, metadati o formattazione del documento. Esporta come UTF-8 quando l'origine contiene caratteri non ASCII, ma usa le informazioni sulla codifica dell'applicazione di origine durante la conversione di dati Palm legacy.

Come convertire un file PDB scientifico

La maggior parte dei file Protein Data Bank è già costituita da testo normale. Se ti serve una copia di testo identica, duplica il file e modifica l'estensione:

cp structure.pdb structure.txt

Nel Prompt dei comandi di Windows, usa:

copy structure.pdb structure.txt

Questa operazione preserva i byte originali, ma tecnicamente è una copia del file, non un'esportazione strutturale. Puoi anche aprire il file in un editor di codice e usare File → Save As; evita gli elaboratori di testo perché il riadattamento delle righe può danneggiare le colonne a larghezza fissa utilizzate dai record PDB.

Per un'esportazione riformattata:

1. Apri il file in PyMOL, UCSF ChimeraX, VMD o un'altra applicazione molecolare.
2. Scegli il comando File → Export o Save As del programma.
3. Scegli un'esportazione PDB basata su testo quando la destinazione richiede record PDB standard, oppure esporta una tabella di atomi delimitata quando richiede colonne.
4. Salva come .txt e verifica che i nomi degli atomi, i nomi dei residui, le coordinate e i record dei modelli siano rimasti intatti.

È inoltre possibile generare una tabella con Biopython, ma non sarà una copia fedele del PDB:

from Bio.PDB import PDBParser

structure = PDBParser(QUIET=True).get_structure("model", "structure.pdb")
with open("atoms.txt", "w", encoding="utf-8") as output:
    for atom in structure.get_atoms():
        residue = atom.get_parent()
        x, y, z = atom.get_coord()
        output.write(f"{residue.get_resname()}\t{atom.get_name()}\t{x:.3f}\t{y:.3f}\t{z:.3f}\n")

Installa la dipendenza con pip install biopython. Il file separato da tabulazioni risultante contiene dati selezionati sugli atomi ed esclude gli altri record PDB, a meno che lo script non li scriva esplicitamente.

Come convertire un file PDB Palm o per e-book

Per i file PalmDOC e gli e-book compatibili, usa un'applicazione che supporti il sottotipo specifico. Calibre può importare molti file di e-book Palm legacy: aggiungi il libro, scegli Convert books, seleziona TXT come formato di output e controlla il risultato per individuare capitoli mancanti, interruzioni di pagina ed errori nei caratteri. Il supporto non è universale perché PDB è solo il nome di una famiglia di contenitori, non una singola specifica per e-book.

Per un database di un'applicazione Palm, esporta dall'applicazione Palm originale o da un'utilità di sincronizzazione compatibile. Usa Export, Save As o un formato delimitato come CSV, quando disponibile, quindi salva il testo esportato come .txt. Un editor di testo o un comando generico di copia dei file normalmente non può decodificare i record di un database binario.

Puoi anche convertire gratuitamente un file PDB supportato su 101convert.com senza installare software. Conferma il sottotipo PDB rilevato prima della conversione ed evita di caricare record riservati, dati personali o ricerche non pubblicate.

Limiti di qualità e compatibilità

I file PDB scientifici utilizzano posizioni di colonna definite, quindi l'andata a capo delle righe, le modifiche automatiche agli spazi vuoti o la modifica tramite foglio di calcolo possono danneggiare le coordinate e l'allineamento dei record. Conserva il file .pdb originale e considera il file TXT una copia di lavoro.

Le conversioni Palm e per e-book possono rimuovere compressione, immagini, collegamenti ipertestuali, segnalibri, ID dei record, metadati del database e campi proprietari. I caratteri di sostituzione come � indicano un problema di codifica; esportare nuovamente con UTF-8 è utile solo quando l'applicazione di origine decodifica correttamente i byte originali. Modificare l'estensione non può recuperare il testo che è già stato decodificato in modo errato.