Converti FASTA in AB1

Un'applicazione di sequenziamento può richiedere un cromatogramma .ab1 quando è disponibile un file FASTA, oppure un laboratorio può dover condividere l'evidenza originale del sequenziamento Sanger invece della sola sequenza consenso. Questi file non sono equivalenti: FASTA contiene lettere, mentre AB1 può contenere dati misurati dell'elettroferogramma.

Cos'è il formato FASTA

FASTA è un formato di sequenza in testo semplice. Un record ha un'intestazione che inizia con >, seguita da lettere nucleotidiche o amminoacidiche, generalmente distribuite su più righe.

Ricercatori, strutture di sequenziamento, genome browser, database, programmi di allineamento, strumenti per la progettazione di primer, assemblatori e utilità da riga di comando usano FASTA per lo scambio e l'analisi delle sequenze. FASTA generalmente non contiene tracce di elettroferogramma, intensità dei canali dei coloranti, posizioni dei picchi, valori di qualità per base, impostazioni dello strumento o metadati della corsa.

Cos'è il formato AB1

AB1, chiamato anche ABI o ABIF, è un formato binario per cromatogrammi associato agli strumenti di sequenziamento Applied Biosystems e ai software di sequenziamento Sanger compatibili. Un file AB1 può contenere le tracce dei quattro canali dei coloranti, le basi chiamate, i punteggi di qualità, le posizioni dei picchi, informazioni sul campione e parametri della corsa; i record esatti dipendono dallo strumento e dal software che lo hanno creato.

I visualizzatori e gli editor di cromatogrammi come FinchTV, Chromas, 4Peaks, SnapGene e Geneious Prime possono aprire molti file AB1. Possono visualizzare la separazione dei picchi e le chiamate ambigue, consentire la modifica della sequenza ed esportare una sequenza consenso come FASTA. Conservare il file AB1 originale, perché un FASTA esportato non mantiene la traccia misurata.

Perché la conversione diretta non funziona

Non esiste una conversione FASTA-to-AB1 senza perdita. Una sequenza FASTA non contiene il segnale sperimentale necessario per ricostruire un cromatogramma autentico. Il software può scrivere un file binario o simulare i picchi in alcuni flussi di lavoro specializzati, ma un file sintetico non costituisce un'evidenza derivante da una corsa di sequenziamento e deve essere etichettato come simulato.

Come gestire la conversione

1. Controllare prima il software ricevente. Usare File → Open o File → Import e selezionare il file FASTA se il testo della sequenza è sufficiente. Molti programmi di analisi accettano direttamente FASTA e non richiedono AB1.
2. Richiedere il cromatogramma sorgente. Se il FASTA proviene da un sequenziamento Sanger, chiedere alla struttura di sequenziamento i file .ab1 corrispondenti, preferibilmente insieme agli identificativi dei campioni e alla sequenza consenso. I file AB1 generati dalla struttura contengono la traccia originale e le informazioni di base calling.
3. Esaminare e modificare l'AB1 autentico. Aprirlo in FinchTV, Chromas, 4Peaks, SnapGene o Geneious Prime. Controllare le estremità di bassa qualità, i picchi misti, gli accumuli di colorante e le posizioni ambigue prima di esportare una sequenza consenso modificata in FASTA.
4. Usare gli strumenti FASTA solo per le operazioni sulle sequenze. Biopython, EMBOSS e SeqKit possono analizzare, convalidare, riformattare o convertire il testo della sequenza. Ad esempio, seqkit seq input.fasta > output.fasta riscrive un file FASTA; non crea dati di traccia AB1.
5. Concordare un sostituto se la traccia sorgente non è disponibile. Inviare il file FASTA oppure chiedere al destinatario di accettare un cromatogramma simulato. Non presentare un AB1 simulato come un risultato di sequenziamento misurato.

Opzioni online e desktop

Nessun convertitore online generico e affidabile può trasformare un FASTA contenente solo la sequenza in un cromatogramma ABI autentico, perché il segnale mancante non può essere recuperato. I validatori o riformattatori FASTA online, inclusi i servizi basati su EMBOSS o Galaxy, possono ripulire ed esaminare il testo della sequenza, ma non possono soddisfare un requisito relativo a dati AB1 misurati.

Per sequenze riservate, non pubblicate o relative a pazienti, usare software locale invece di caricare i file su un sito di conversione non verificato. Un editor di cromatogrammi desktop è appropriato quando esiste un AB1 originale; non può ricrearlo da un FASTA contenente una sequenza consenso.

Limitazioni di compatibilità

AB1 è un file binario ABIF, non una sequenza di testo con un'estensione diversa. Rinominare sequence.fasta in sequence.ab1 lascia invariato il contenuto e normalmente induce un'applicazione a segnalare un file danneggiato o non supportato.

Alcuni programmi leggono solo determinati record ABIF oppure supportano la visualizzazione ma non la modifica e l'esportazione. Mantenere invariato il file originale, testare il file risultante nel software del destinatario e fornire separatamente il FASTA per le applicazioni che necessitano solo della sequenza chiamata.